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- PDB-3cph: Crystal structure of Sec4 in complex with Rab-GDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cph
タイトルCrystal structure of Sec4 in complex with Rab-GDI
要素
  • Rab GDP-dissociation inhibitor
  • Ras-related protein SEC4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / prenylation / vesicular transport / Cytoplasm / Cytoplasmic vesicle / Exocytosis / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Nucleotide-binding / Palmitate / Phosphoprotein / GTPase activation
機能・相同性
機能・相同性情報


Rab GDP-dissociation inhibitor activity / ascospore-type prospore assembly / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / incipient cellular bud site / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip ...Rab GDP-dissociation inhibitor activity / ascospore-type prospore assembly / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / incipient cellular bud site / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / small GTPase-mediated signal transduction / transport vesicle membrane / exocytosis / transport vesicle / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / GTPase activator activity / autophagy / protein transport / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / : / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. ...Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / : / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / 3-Layer(bba) Sandwich / Rab subfamily of small GTPases / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein SEC4 / Rab GDP-dissociation inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kravchenko, S. / Ignatev, A. / Goody, R.S. / Rak, A. / Pylypenko, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2008
タイトル: A structural model of the GDP dissociation inhibitor rab membrane extraction mechanism.
著者: Ignatev, A. / Kravchenko, S. / Rak, A. / Goody, R.S. / Pylypenko, O.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Rab GDP-dissociation inhibitor
A: Ras-related protein SEC4
H: Rab GDP-dissociation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,3365
ポリマ-125,8693
非ポリマー4682
1,56787
1
G: Rab GDP-dissociation inhibitor
A: Ras-related protein SEC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0654
ポリマ-74,5982
非ポリマー4682
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-25.3 kcal/mol
Surface area27800 Å2
手法PISA
2
H: Rab GDP-dissociation inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2711
ポリマ-51,2711
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.900, 131.900, 217.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Rab GDP-dissociation inhibitor / Rab GDI / Secretory pathway GDP dissociation inhibitor / yeast Rab-GDI


分子量: 51271.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39958
#2: タンパク質 Ras-related protein SEC4 / Suppressor of RHO3 protein 6 / small GTPase Sec4


分子量: 23326.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07560
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 12% PEG MME 2000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9816 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9816 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.9 Å / Num. all: 49236 / Num. obs: 48896 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ukv, chain G
解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 14.504 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.534 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26763 2437 5 %RANDOM
Rwork0.21773 ---
all0.2202 46245 --
obs0.2202 46245 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8373 0 29 87 8489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.97511604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.824314400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87951049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02924.674383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.469151549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2841537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.25762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.24115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.24496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1390.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.56794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.051.52132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.67528473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71434003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1354.53131
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 181 -
Rwork0.333 3291 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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