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- PDB-6dd5: Crystal Structure of the Cas6 Domain of Marinomonas mediterranea ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dd5
タイトルCrystal Structure of the Cas6 Domain of Marinomonas mediterranea MMB-1 Cas6-RT-Cas1 Fusion Protein
要素MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1
キーワードHYDROLASE / Crispr Cas Protein / Endoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / RNA-directed DNA polymerase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / defense response to virus ...maintenance of CRISPR repeat elements / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / RNA-directed DNA polymerase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / CRISPR-associated endonuclease Cas1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Marinomonas mediterranea MMB-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Stamos, J.L. / Mohr, G. / Silas, S. / Makarova, K.S. / Markham, L.M. / Yao, J. / Lucas-Elio, P. / Sanchez-Amat, A. / Fire, A.Z. / Koonin, E.V. / Lambowitz, A.M.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: A Reverse Transcriptase-Cas1 Fusion Protein Contains a Cas6 Domain Required for Both CRISPR RNA Biogenesis and RNA Spacer Acquisition.
著者: Mohr, G. / Silas, S. / Stamos, J.L. / Makarova, K.S. / Markham, L.M. / Yao, J. / Lucas-Elio, P. / Sanchez-Amat, A. / Fire, A.Z. / Koonin, E.V. / Lambowitz, A.M.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,06823
ポリマ－150,5662
非ポリマー2,50221
水00
1
A: MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,58212
ポリマ－75,2831
非ポリマー1,29911
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,48611
ポリマ－75,2831
非ポリマー1,20310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.278, 110.760, 192.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...
21(chain B and (resid 3 through 1236 or resid 1244 through 1294))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEILEILE(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...AA33
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...AA4 - 54 - 5
13LYSLYSALAALA(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...AA2 - 12942 - 666
14LYSLYSALAALA(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...AA2 - 12942 - 666
15LYSLYSALAALA(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...AA2 - 12942 - 666
16LYSLYSALAALA(chain A and (resid 3 or (resid 4 through 5...AA2 - 12942 - 666
21ILEILETYRTYR(chain B and (resid 3 through 1236 or resid 1244 through 1294))BB3 - 12363 - 608
22VALVALALAALA(chain B and (resid 3 through 1236 or resid 1244 through 1294))BB1244 - 1294616 - 666

-
要素

#1: タンパク質 MMB-1 Cas6 Fused to Maltose Binding Protein,CRISPR-associated endonuclease Cas1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 75283.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Marinomonas mediterranea MMB-1 (バクテリア)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, cas1, Marme_0669 / 株: ATCC 700492 / JCM 21426 / NBRC 103028 / MMB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: F2K1V9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 2.5 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→48.23 Å / Num. obs: 47006 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 53.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 696144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.85-2.9515.11.46345310.7660.3891.514100
11.04-48.2313.10.02791510.0080.02899.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.23 Å
Translation3 Å48.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 17, 2015データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B3W

5b3w


解像度: 2.85→48.226 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 2277 4.85 %
Rwork0.1869 --
obs0.1888 46930 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.24 Å2 / Biso mean: 55.15 Å2 / Biso min: 20.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→48.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10125 0 143 0 10268
Biso mean--78.77 --
残基数----1297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77214257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0836187
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6097X-RAY DIFFRACTION4.832TORSIONAL
12B6097X-RAY DIFFRACTION4.832TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.85-2.9120.39871180.315227802898
2.912-2.97970.39421430.282627432886
2.9797-3.05420.27071290.25927492878
3.0542-3.13680.29061320.245727772909
3.1368-3.2290.27781540.224927202874
3.229-3.33320.26141530.217627522905
3.3332-3.45230.26451470.209127632910
3.4523-3.59050.23311430.195927752918
3.5905-3.75390.23091390.184827642903
3.7539-3.95170.1921380.167627792917
3.9517-4.19920.20351650.151927762941
4.1992-4.52320.1961350.143727942929
4.5232-4.97790.16821430.136128032946
4.9779-5.69730.20861510.16328152966
5.6973-7.17420.21051380.196928743012
7.1742-48.23340.21490.183329893138
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.48320.6282-0.28761.62410.26631.7704-0.11010.18130.301-0.2272-0.01830.2286-0.0636-0.18820.09960.29370.0228-0.04240.262-0.04990.274617.003730.1462213.8321
22.5961.10070.60075.11530.27991.7425-0.0442-0.15020.39780.4115-0.02810.3104-0.0938-0.11440.07640.34480.02190.02110.3077-0.01510.501627.770854.7808244.0132
32.1943-0.56921.0664.0862-1.24474.8657-0.1019-0.0723-0.02640.3408-0.1304-0.33210.01660.23050.19940.3088-0.01120.01360.24150.05520.405937.960234.7674249.1177
42.06040.82350.31282.8471.23462.55030.07410.01750.0712-0.30750.2656-0.7462-0.43090.5771-0.19470.4162-0.08130.13720.3906-0.09490.468664.787363.0626202.5902
51.2754-0.28740.51787.8079-1.63782.13590.00870.0838-0.09350.6776-0.0305-0.6163-0.01590.1057-0.05470.42040.02020.07140.3374-0.07430.509567.560834.7054237.259
61.91340.79171.01574.18291.29565.4247-0.0248-0.0620.00530.04230.01710.02130.13770.06770.00680.30080.00760.06270.2319-0.03050.392759.669555.0513244.4351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:372)A2 - 372
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1001:1131)A1001 - 1131
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1132:1294)A1132 - 1294
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 3:372)B3 - 372
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1001:1131)B1001 - 1131
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1132:1294)B1132 - 1294

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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