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- PDB-3c8x: Crystal structure of the ligand binding domain of human Ephrin A2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c8x
タイトルCrystal structure of the ligand binding domain of human Ephrin A2 (Epha2) receptor protein kinase
要素Ephrin type-A receptor 2
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / RECEPTOR / PHOSPHORYLATION / TRANSMEMBRANE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / GLYCOPROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / response to growth factor / bone remodeling / positive regulation of bicellular tight junction assembly / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / tight junction / RND1 GTPase cycle / neural tube development / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / vasculogenesis / keratinocyte differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / RAC1 GTPase cycle / osteoclast differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / skeletal system development / cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell motility / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron differentiation / osteoblast differentiation / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / angiogenesis / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / cell adhesion / positive regulation of cell migration / cadherin binding / inflammatory response / focal adhesion / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. ...Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / Galactose-binding domain-like / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Jelly Rolls / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ephrin type-A receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Walker, J.R. / Yermekbayeva, L. / Seitova, A. / Butler-Cole, C. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Architecture of Eph receptor clusters.
著者: Himanen, J.P. / Yermekbayeva, L. / Janes, P.W. / Walker, J.R. / Xu, K. / Atapattu, L. / Rajashankar, K.R. / Mensinga, A. / Lackmann, M. / Nikolov, D.B. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5691
ポリマ－23,5691
非ポリマー00
水1,982110
1
A: Ephrin type-A receptor 2

A: Ephrin type-A receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1372
ポリマ－47,1372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area3090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.518, 92.518, 41.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ephrin type-A receptor 2 / Tyrosine-protein kinase receptor ECK / Epithelial cell kinase


分子量: 23568.516 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain: Residues 23-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK
Plasmid details: Plasmid transfer vector pFHMSP-LIC-N containing the gene was transformed into DH10Bac E.coli cells (Invitrogen) to obtain recombinant viral DNA. SF9 cells were transfected with ...Plasmid details: Plasmid transfer vector pFHMSP-LIC-N containing the gene was transformed into DH10Bac E.coli cells (Invitrogen) to obtain recombinant viral DNA. SF9 cells were transfected with Bacmid DNA using Cellfectin reagent (Invitrogen), and recombinant baculovirus was generated. Viral stock was amplified from P1 to P3.
プラスミド: pFHMSP-LIC-N
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE CORRECT SEQUENCE IS PROVIDED IN GENBANK ENTRY NP_004422.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: AN IN-SITU PROTEOLYSIS STRATEGY WAS USED TO GENERATE HIGH QUALITY CRYSTALS. TRYPSIN WAS ADDED FROM A 1.5 GRAM/L STOCK TO A PROTEIN SAMPLE (AT 6.2 GRAM/L) TO A FINAL TRYPSIN CONC OF 6.2 ...詳細: AN IN-SITU PROTEOLYSIS STRATEGY WAS USED TO GENERATE HIGH QUALITY CRYSTALS. TRYPSIN WAS ADDED FROM A 1.5 GRAM/L STOCK TO A PROTEIN SAMPLE (AT 6.2 GRAM/L) TO A FINAL TRYPSIN CONC OF 6.2 MICROGRAM/L BEFORE CRYSTAL PLATES WERE SET AT 291.2K. 25% PEG 3350, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5. PARATONE-N WAS USED AS THE CRYOPROTECTANT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35 Å / Num. all: 14975 / Num. obs: 14975 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 15.44
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8281 / Num. unique all: 1453 / Rsym value: 0.849 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KGY

1kgy


解像度: 1.95→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.795 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22623 755 5 %RANDOM
Rwork0.16291 ---
obs0.16583 14205 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20.72 Å20 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 0 110 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.83
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.785
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.005 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 55 -
Rwork0.23 995 -
obs--97.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.339-2.62954.653115.4705-3.61078.47060.1543-0.03680.16660.0598-0.29480.4468-0.2184-0.38490.14050.0963-0.0051-0.01230.1948-0.01920.1449-23.944660.2669-9.3906
2108.38585.845865.676.44230.541141.25861.81844.945-3.5701-0.7725-0.0048-0.19371.64092.6092-1.81360.1282-0.0366-0.05210.3272-0.10830.082-19.849550.4624-4.0723
39.8478-4.15222.304310.906110.077413.87320.12760.59870.13151.21210.02270.01250.34060.9576-0.15030.122-0.03290.00510.2717-0.00270.1532-9.826248.64346.5525
44.75732.39593.54341.25942.00443.55520.17130.1299-0.53630.08010.001-0.18920.33720.1762-0.17230.0932-0.01070.01270.1467-0.03130.1843-20.169145.61586.2616
52.92611.92243.08161.8952.7534.1372-0.10770.169-0.1654-0.15120.1192-0.06050.03930.2242-0.01150.1304-0.04520.01280.14250.00080.1478-24.707546.38053.9839
62.4460.1334-0.99212.5776-1.6044.6554-0.0563-0.1342-0.01450.0146-0.0114-0.1022-0.1560.29130.06770.1103-0.00280.00370.2252-0.0040.1937-11.68755.35327.5449
73.5115-0.4469-2.27482.7622-0.31275.68310.15340.34950.3588-0.1594-0.00180.0877-0.41320.0601-0.15150.139-0.0484-0.02450.14410.02290.172-17.949566.1046-8.4842
80.7793-1.03571.70731.6456-2.982910.89320.0695-0.221-0.00860.07680.14320.07640.1279-0.2805-0.21270.1017-0.0214-0.00230.1647-0.00770.1509-27.237657.847913.242
90.95161.84633.64443.58227.070913.95710.0083-0.1376-0.34830.8266-0.30260.00180.56590.05790.29430.1129-0.03070.04810.1684-0.00130.1488-25.654.632826.149
1016.1951-6.377619.06564.7342-8.267526.9744-0.03240.03830.26250.16110.01650.0133-0.36340.28220.01580.1123-0.01540.02410.2437-0.01650.1205-19.387559.684121.8602
113.5796-0.6013-3.74250.8747-0.49765.5522-0.0880.17670.1632-0.1195-0.0207-0.05370.03620.15440.10870.1404-0.04840.00010.17270.01450.1346-10.877362.6838-0.2812
1215.38099.7387-1.32398.56067.010325.8402-0.52530.11540.3599-0.0734-0.0173-0.0560.34730.65040.54260.01560.0365-0.0430.22610.13180.1421-3.996553.8575-1.8502
1313.4771-3.3716-5.728412.2554-5.29776.4046-0.1771-0.7344-0.0633-0.3232-0.0527-1.2946-0.19060.84520.22980.0448-0.0895-0.0280.2021-0.00460.1491-5.395662.79513.888
147.12262.5163.193818.4681-11.200610.07860.4346-0.78170.81340.75640.52821.4899-0.8279-0.5615-0.96280.1502-0.03140.09850.1664-0.01130.2424-20.717767.40639.0186
153.68840.2592-2.14551.1676-1.82495.45630.00860.21420.19920.17220.0290.0092-0.4123-0.1196-0.03760.185-0.0671-0.02240.1416-0.03810.1811-20.80865.40680.6546
160.8634-0.19190.04640.7844-0.65670.5659-0.0008-0.00320.0452-0.04-0.0689-0.0576-0.0020.12660.06970.1146-0.0389-0.00860.16750.00480.1381-15.464158.70555.3521
171.57580.8606-2.44594.0305-4.386612.0422-0.07840.33170.1242-0.60030.24390.29390.3229-0.292-0.16550.0814-0.0269-0.01820.19370.03040.1966-24.206562.7668-5.9103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 3431 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2AA35 - 4339 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3AA44 - 4948 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4AA50 - 5854 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5AA59 - 7263 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6AA73 - 8577 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7AA86 - 9890 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8AA99 - 105103 - 109
9X-RAY DIFFRACTION9AA106 - 111110 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10AA112 - 117116 - 121
11X-RAY DIFFRACTION11AA118 - 129122 - 133
12X-RAY DIFFRACTION12AA130 - 134134 - 138
13X-RAY DIFFRACTION13AA135 - 141139 - 145
14X-RAY DIFFRACTION14AA142 - 148146 - 152
15X-RAY DIFFRACTION15AA160 - 176164 - 180
16X-RAY DIFFRACTION16AA177 - 190181 - 194
17X-RAY DIFFRACTION17AA191 - 200195 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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