PDB-4w4i: Crystal structure of EspG3 from the ESX-3 type VII secretion syst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w4i

タイトル

Crystal structure of EspG3 from the ESX-3 type VII secretion system of M. tuberculosis

要素

ESX-3 secretion-associated protein EspG3

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / signal recognition / virulence factor / protein secretion / adaptor

機能・相同性

EspG family / EspG family / cytoplasm / ESX-3 secretion-associated protein EspG3

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Ekiert, D.C. / Cox, J.S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a PE-PPE-EspG complex from Mycobacterium tuberculosis reveals molecular specificity of ESX protein secretion.
著者: Ekiert, D.C. / Cox, J.S.

履歴

登録	2014年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w4i.cif.gz	118.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w4i.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w4i_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w4i_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	4w4i_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	4w4i_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/4w4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w4jSC 4w4kC 4w4lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jkw-d 4umt-d 5twy-1 4bfm-d 5c4v-2 3zy6-d 5k00-d 3t9b-d 5m5a-d 3t9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESX-3 secretion-associated protein EspG3

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.980, 96.310, 94.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ESX-3 secretion-associated protein EspG3 分子量: 33624.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: Erdman / 遺伝子: ERDMAN_0323, Q643_00302 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: P9WJC6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium sulfate, 20% (w/v) polyethylene glycol [PEG] 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 8298 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 60.6 Å² / R_sym value: 0.18 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1727)	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4W4J

4w4j

解像度: 2.85→48.155 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2744	828	10 %	RANDOM
R_work	0.2247	-	-	-
obs	0.2296	8279	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2021	0	5	0	2026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2069
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	2828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.356	739
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	370

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-3.0287	0.3906	137	0.3332	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0287-3.2625	0.3649	135	0.294	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2625-3.5907	0.3347	136	0.2566	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5907-4.11	0.3107	135	0.2248	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-5.1772	0.2087	140	0.1821	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1772-48.1618	0.2391	145	0.2073	1307	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4894	-0.2543	-0.041	1.3719	0.0482	1.6337	0.0073	-0.0476	0.0831	0.0869	0.0476	0.0274	-0.5249	-0.0395	0.0092	0.3771	-0.0858	-0.023	0.3474	-0.0282	0.448	16.872	-0.6594	-34.2167
2	1.388	-0.7642	1.5777	2.4777	1.043	4.9102	-0.0072	0.176	0.0504	-0.1193	0.2942	-0.2738	-0.491	0.9348	3.5235	0.5905	0.0138	-0.295	0.9515	0.2949	0.6054	19.2857	-10.7186	-10.9894
3	0.2222	-0.0494	0.2845	0.4761	0.3272	1.1172	0.1377	-0.4761	-0.7603	-0.336	-0.3917	0.3789	0.3893	-0.127	-0.2873	0.7794	0.0629	-0.0148	0.5971	0.0737	0.7996	-3.1566	-22.3806	-10.9283
4	0.7858	0.6575	-0.3016	0.5768	-0.3016	0.2742	-0.078	-0.48	-0.3992	0.5013	-0.1611	0.0082	0.0536	0.0244	-0.0134	0.5641	0.0898	-0.0738	0.5192	0.0821	0.5286	12.2648	-19.7754	-16.4494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 134 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 135 through 159 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 190 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 274 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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