PDB-3bzz: Crystal structural of the mutated R313T EscU/SpaS C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzz

タイトル

Crystal structural of the mutated R313T EscU/SpaS C-terminal domain

要素

(EscU) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / Intein / flagella / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.407 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzz.cif.gz	36.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzz.ent.gz	24.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bzz_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bzz_full_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示
XML形式データ	3bzz_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	3bzz_validation.cif.gz	9.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzpC 3bzrC 3bzsC 3bztC 3bzvC 3bzxC 3bzyC 3c00C 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kky-d 1myl-3 4pyu-6 1puz-d 3x33-d 3rym-3 1ich-d 2l6d-d 4hbm-6 2wlb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

B: EscU

15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.297, 48.606, 62.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EscU 分子量: 5991.751 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: タンパク質	EscU 分子量: 9423.975 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 263-345 / Mutation: R313T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.54097 Å³/Da / 溶媒含有率: 20.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: (NH4)2SO4, Bis-Tris, Pentaerythriol Ethoxylate, NaCl, pH 6.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.407→50 Å / Num. all: 19177 / Num. obs: 18717 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.264 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.407-1.46	4.3	0.378	1555	0.439	1	83.3
1.46-1.52	5.2	0.331	1822	0.473	1	96.5
1.52-1.59	6.2	0.254	1872	0.504	1	99.6
1.59-1.67	7.1	0.218	1890	0.55	1	100
1.67-1.78	7.8	0.178	1889	0.611	1	100
1.78-1.91	7.9	0.129	1884	0.796	1	100
1.91-2.11	7.9	0.084	1931	1.203	1	100
2.11-2.41	7.8	0.079	1943	2.045	1	100
2.41-3.04	7.5	0.069	1931	2.807	1	100
3.04-50	7	0.04	2000	2.21	1	96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.407→38.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.09 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	959	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
all	0.182	19177	-	-
obs	0.182	18669	97.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.187 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.407→38.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	786	0	0	108	894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	815
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	2.002	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.313	5	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.59	26.452	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.92	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.613	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	871
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.319	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.208	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.083	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.002	1.5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.211	1.5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.101	2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.992	3	372
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.41	4.5	271

LS精密化シェル

解像度: 1.407→1.444 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	48	-
R_work	0.267	1082	-
all	-	1130	-
obs	-	-	80.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0348	1.6473	3.8783	9.8551	1.621	12.987	0.008	-0.3047	0.5355	0.6048	0.0755	0.0967	-0.7601	-0.1965	-0.0835	0.1798	0.0452	0.0661	0.0664	0.0122	0.1159	-8.6028	4.0246	25.9362
2	3.4499	-1.2827	1.6814	3.4578	-1.4159	4.6208	0.0042	-0.0199	-0.156	0.0696	0.1142	0.0707	0.1264	0.0217	-0.1184	0.0853	-0.0008	0.0076	0.0255	0.0072	0.0358	-2.003	-7.1191	21.0226
3	6.1885	-4.0247	11.0113	5.5448	-6.5883	19.7046	-0.0252	-0.2797	-0.0907	-0.0817	0.1727	0.156	-0.2669	-0.744	-0.1475	0.0734	0.014	-0.0026	0.1019	0.0282	0.024	-11.1539	2.3821	8.0153
4	1.5597	-0.1172	0.388	1.3195	-0.604	5.0433	-0.0457	-0.1209	-0.015	0.0885	0.0577	0.0703	-0.0296	-0.0891	-0.0121	0.102	0.0112	0.0012	0.0364	-0.0052	0.0648	-4.7844	-2.5789	23.1018
5	1.0308	0.046	-0.0382	2.7678	-0.7505	2.2683	-0.0384	0.1278	-0.039	-0.2726	-0.0014	-0.1007	0.0665	0.071	0.0399	0.0986	-0.0035	0.0098	0.0328	-0.0096	0.04	0.5622	-5.7337	13.5866
6	50.4488	5.4008	-6.6107	18.6084	-9.0044	20.6582	-0.0218	1.4485	-2.5291	-0.2093	0.0589	0.7332	1.2126	-1.9318	-0.0371	0.1784	-0.1539	-0.0486	0.2275	-0.0732	0.1901	-11.2361	-11.5497	10.162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	244 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	256 - 262
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	263 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	271 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	277 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	302 - 334
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	335 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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