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- PDB-3bzy: Crystal structure of the mutated Y316D EscU C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bzy
タイトルCrystal structure of the mutated Y316D EscU C-terminal domain
要素(EscU) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / flagella / Intein / T3SS / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
secretion proteins EscU / name from scop / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5203
ポリマ－15,4242
非ポリマー961
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
手法PISA
2
A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子

A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子

A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子

A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,07912
ポリマ－61,6958
非ポリマー3844
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area13500 Å2
手法PISA
3
A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子

A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0406
ポリマ－30,8474
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area5530 Å2
手法PISA
4
A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子

A: EscU
B: EscU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0406
ポリマ－30,8474
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area5730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.882, 58.832, 72.186
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 EscU


分子量: 5991.751 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: タンパク質 EscU


分子量: 9431.979 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 263-345 / Mutation: Y316D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: Li2SO4, Bis-Tris, Peg3350, NaCl, pH 5.5, Microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 37475 / Num. obs: 36351 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.2-1.242.80.3577.7
1.24-1.294.20.30393.9
1.29-1.355.60.25899.5
1.35-1.4270.223100
1.42-1.517.50.15100
1.51-1.637.60.094100
1.63-1.797.70.078100
1.79-2.057.60.065100
2.05-2.597.40.038100
2.59-507.10.02898.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.2→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.957 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17801 1824 5 %RANDOM
Rwork0.14226 ---
obs0.14404 34527 96.9 %-
all-37475 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数897 0 5 115 1017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.022918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0322.0251266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.33731566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9145126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.49226.28635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84515184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3760.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3780.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4761.5742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5431.5222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.942944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3423394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8574.5313
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.231824
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.3843115
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.7931517
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 105 -
Rwork0.244 1924 -
obs--74.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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