PDB-3bzs: Crystal structure of EscU C-terminal domain with N262D mutation, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzs

タイトル

Crystal structure of EscU C-terminal domain with N262D mutation, Space group P 21 21 21

要素

EscU

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / intein / T3SS / TTSS / asparagine cyclization / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzs.cif.gz	34.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzs.ent.gz	23.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bzs_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bzs_full_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示
XML形式データ	3bzs_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	3bzs_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzpC 3bzrC 3bztC 3bzvC 3bzxC 3bzyC 3bzzC 3c00C 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vkr-3 6fdd-5 2vkr-1 2lki-d 6fdd-2 1rhx-d 2ljx-d 2vkr-7 1xer-d 6l0o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.371, 48.349, 60.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EscU 分子量: 15454.796 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: N262D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

EscU

分子量: 15454.796 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: N262D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 17.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, NaCl, Bis-Tris, pH 6.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.48→50 Å / Num. all: 16014 / Num. obs: 14461 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 1.573 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.48-1.53	6.3	0.567	1277	1.085	1	82.7
1.53-1.59	8.4	0.457	1562	1.234	1	99
1.59-1.67	9.4	0.326	1577	1.412	1	100
1.67-1.75	10	0.245	1576	1.545	1	100
1.75-1.86	10.3	0.158	1581	1.566	1	100
1.86-2.01	9.3	0.099	1161	1.729	1	73.5
2.01-2.21	11	0.067	1605	1.657	1	99.8
2.21-2.53	11.1	0.049	1152	1.515	1	72.2
2.53-3.19	11.5	0.04	1637	1.527	1	100
3.19-50	9.4	0.045	1333	2.323	1	76.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.48→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.666 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	716	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
all	0.216	16014	-	-
obs	0.216	14388	90.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	746	0	0	96	842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	2.005	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.514	3	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.73	5	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.872	25.517	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.043	15	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.975	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.184	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.128	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.029	1.5	660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.264	1.5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.13	2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.071	3	366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.572	4.5	267

LS精密化シェル

解像度: 1.48→1.521 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.694	47	-
R_work	0.656	929	-
all	-	976	-
obs	-	-	84.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9295	-0.9792	-0.2614	3.3152	1.0448	3.1053	0.0258	-0.094	-0.1722	0.2227	0.1492	-0.1175	0.2086	0.0565	-0.1751	0.0435	0.013	-0.0461	-0.0005	-0.0088	0.0355	-9.4238	4.207	-8.1722
2	1.4629	-1.1066	-2.0047	2.188	2.0306	6.0018	0.0106	-0.0435	-0.0238	-0.078	0.1226	-0.0846	0.1273	0.1492	-0.1332	0.0369	-0.0039	-0.0151	0.0061	-0.0087	0.0235	-10.2596	0.3965	-16.8657
3	6.5487	-0.3346	-0.5798	1.8814	-0.4506	2.7353	-0.0756	-0.0946	0.081	0.0598	0.1768	0.0892	0.0485	-0.0817	-0.1013	0.0441	0.0136	-0.0038	0.0507	0.0171	0.0342	-14.0329	5.1753	-1.5502
4	4.7589	-1.4235	2.5747	1.6304	-1.7043	3.3894	-0.1298	0.0159	0.1425	0.0314	-0.0126	-0.1224	-0.1828	0.1441	0.1425	0.0425	-0.0025	-0.0207	-0.0112	-0.0128	0.0295	-8.0693	9.8799	-7.9703
5	2.2995	-0.4328	-0.9384	3.7827	0.7567	4.9885	0.1262	0.1416	0.044	-0.2977	-0.1547	0.2176	-0.1137	-0.1986	0.0285	0.0293	0.0027	-0.0507	-0.0004	-0.0036	0.0267	-17.8855	4.7628	-19.6132
6	22.3532	-1.7537	13.1873	10.5475	-8.5172	20.2645	0.155	0.4797	0.9981	0.1761	-0.7534	-0.4208	-0.0783	1.9771	0.5984	0.0185	-0.0824	0.03	0.1578	0.063	0.0107	-4.4322	10.5618	-20.0053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	248 - 265	40 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	266 - 287	58 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	288 - 295	80 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	296 - 312	88 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	313 - 335	105 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	336 - 341	128 - 133

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