[日本語] English
万見
- PDB-6l0o: WH domain of human MCM8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l0o
タイトルWH domain of human MCM8
要素DNA helicase MCM8
キーワードDNA BINDING PROTEIN / WHD / Winged helix
機能・相同性
機能・相同性情報


MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / female gamete generation / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / MutSalpha complex binding ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / female gamete generation / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / MutSalpha complex binding / Unwinding of DNA / MCM complex / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / protein localization to chromatin / double-strand break repair via homologous recombination / Orc1 removal from chromatin / single-stranded DNA binding / chromosome / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / protein stabilization / DNA damage response / chromatin binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding, OB-fold ...MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Liu, Y. / Li, J. / Liu, L. / Zeng, H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the winged-helix domain of MCM8.
著者: Zeng, H. / Li, J. / Xu, H. / Li, H. / Liu, Y.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA helicase MCM8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7443
ポリマ－9,5521
非ポリマー1922
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.062, 52.062, 50.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 DNA helicase MCM8 / Minichromosome maintenance 8


分子量: 9551.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCM8, C20orf154 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJA3, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0-2.2M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 23189 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 51.576
反射 シェル解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 5.714 / Num. unique obs: 1100 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.649 / Rsym value: 0.644 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3139精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Sir2014位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.21→33.62 Å / SU ML: 0.0688 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.136
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1465 1981 8.56 %
Rwork0.1202 --
obs0.1225 23143 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→33.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数590 0 10 82 682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8558885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6977246
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.240.15471350.13381445X-RAY DIFFRACTION93.27
1.24-1.270.13461400.12021480X-RAY DIFFRACTION95.91
1.27-1.310.13571410.11511466X-RAY DIFFRACTION95.94
1.31-1.350.14811400.1161472X-RAY DIFFRACTION96.35
1.35-1.40.14351410.11391515X-RAY DIFFRACTION96.34
1.4-1.460.13231390.10561484X-RAY DIFFRACTION97.13
1.46-1.520.12081370.09461517X-RAY DIFFRACTION97.35
1.52-1.60.12421430.09721513X-RAY DIFFRACTION97.93
1.6-1.710.13931440.09991521X-RAY DIFFRACTION98.06
1.71-1.840.12321370.10331534X-RAY DIFFRACTION98.41
1.84-2.020.13361440.1111528X-RAY DIFFRACTION98.53
2.02-2.310.12091400.10631546X-RAY DIFFRACTION99.23
2.31-2.920.13931480.12111558X-RAY DIFFRACTION99.59
2.92-33.620.17911520.14361583X-RAY DIFFRACTION99.94

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る