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- PDB-2vkr: 3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vkr
タイトル3Fe-4S, 4Fe-4S plus Zn Acidianus ambivalens ferredoxin
要素ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / ZINC / IRON / 3FE-4S / 4FE-4S / TRANSPORT / ZN CENTER / HEMIHEDRIC TWINNIG / IRON-SULFUR PROTEIN / FERREDOXIN / METHYLATION / THERMOPHILE / IRON-SULFUR / THERMOSTABLE PROTEIN / METAL-BINDING / PROTEIN FOLDING
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin zinc-binding / : / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Zinc-containing ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種ACIDIANUS AMBIVALENS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Frazao, C. / Aragao, D. / Coelho, R. / Leal, S.S. / Gomes, C.M. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2008
タイトル: Crystallographic analysis of the intact metal centres [3Fe-4S](1+/0) and [4Fe-4S](2+/1+) in a Zn(2+) -containing ferredoxin.
著者: Frazao, C. / Aragao, D. / Coelho, R. / Leal, S.S. / Gomes, C.M. / Teixeira, M. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: A Spectroscopic Study of the Temperature Induced Modifications on Ferredoxin Folding and Iron-Sulfur Moieties
著者: Todorovic, S. / Leal, S.S. / Salgueiro, C.A. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Murgida, D.H. / Gomes, C.M.
#2: ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2007
タイトル: Studies of the Molten Globule State of Ferredoxin: Structural Characterisation and Implications on Protein Folding and Iron-Sulfur Centre Assembly
著者: Leal, S.S. / Gomes, C.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Natural Domain Design: Enhanced Thermal Stability of a Zinc Lacking Ferredoxin Isoform Shows that a Hydrophobic Core Efficiently Replaces the Structural Metal Site
著者: Rocha, R. / Leal, S. / Teixeira, M. / Regalla, M. / Huber, H. / Baptista, A. / Soares, C.M. / Gomes, C.M.
#4: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1998
タイトル: ,Di-Cluster, Seven-Iron Ferredoxins from Hyperthermophilic Sulfolobales
著者: Gomes, C.M. / Faria, A. / Carita, J.C. / Mendes, J. / Regalla, M. / Chicau, P. / Huber, H. / Stetter, K.O. / Teixeira, M.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: A Seven Iron Ferredoxin from the Thermoacidophilic Archaeon Desulfurolobus Ambivalens
著者: Teixeira, M. / Batista, R. / Campos, A. / Gomes, C. / Mendes, J. / Pacheco, I. / Anemuller, S. / Hagen, W.
履歴
登録2007年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
B: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
C: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
D: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
E: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
F: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
G: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,09228
ポリマ－77,1027
非ポリマー4,99021
水1,964109
1
A: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: ZINC-CONTAINING FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7274
ポリマ－11,0151
非ポリマー7133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.500, 117.500, 50.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.10909, -0.86413, 0.4913), (0.14898, 0.50288, 0.85142), (-0.98281, -0.01968, 0.18359)71.42393, 4.73281, 0.23226
2given(-0.46133, 0.88706, -0.01717), (0.88702, 0.4607, -0.03089), (-0.01949, -0.02948, -0.99938)-2.0864, 1.61628, 54.18728
3given(-0.81509, -0.32123, -0.48212), (0.36144, 0.36841, -0.85653), (0.45276, -0.8724, -0.18418)96.95162, 49.48711, 11.46147
4given(-0.40557, -0.91386, -0.01925), (0.91405, -0.40534, -0.01481), (0.00573, -0.02361, 0.9997)117.25011, 55.82421, -17.61574
5given(-0.83159, 0.24483, 0.49852), (0.41585, -0.32051, 0.85109), (0.36815, 0.91506, 0.16472)2.85829, 21.96861, -3.64962
6given(-0.52712, -0.64709, 0.55084), (-0.6344, -0.13164, -0.76171), (0.56541, -0.75097, -0.34112)61.41705, 145.93777, 64.36745

-
要素

#1: タンパク質
ZINC-CONTAINING FERREDOXIN / SEVEN-IRON FERREDOXIN / FERREDOXIN


分子量: 11014.585 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACIDIANUS AMBIVALENS (古細菌) / 参照: UniProt: P49949
#2: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 % / 解説: HEMIHEDRIC TWINNED CRYSTAL
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD USING 2 MICROL DROPS OF FRESHLY PURIFIED PROTEIN AT 4.7 MG/ML IN 40 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.5 AND 150 NACL, PLUS 2 MICROL OF WELL SOLUTION, 2.4-3.0 M AMMONIUM ...詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD USING 2 MICROL DROPS OF FRESHLY PURIFIED PROTEIN AT 4.7 MG/ML IN 40 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.5 AND 150 NACL, PLUS 2 MICROL OF WELL SOLUTION, 2.4-3.0 M AMMONIUM SULPHATE BUFFERED WITH TRIS-HCL 0.1 M PH 8 AND 0.5 MICROL LAURYLDIMETHYLAMINE-OXIDE (LDAO) 7% (W/V).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→19.48 Å / Num. obs: 52106 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XER

1xer


解像度: 2.01→19.48 Å / Num. parameters: 22469 / Num. restraintsaints: 52080 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: HEMIHEDRIC TWIN LAW 1 0 0, -1 -1 0, 0 0 -1, TWIN RATIO 0.39/0.61. NO INTER-MOLECULES TRANSFORMATION MATRICES WERE EVER USED FOR NCS RESTRAINTS. INSTEAD, NCS SIMILARITIES RESTRAINTS WERE ...詳細: HEMIHEDRIC TWIN LAW 1 0 0, -1 -1 0, 0 0 -1, TWIN RATIO 0.39/0.61. NO INTER-MOLECULES TRANSFORMATION MATRICES WERE EVER USED FOR NCS RESTRAINTS. INSTEAD, NCS SIMILARITIES RESTRAINTS WERE APPLIED: 1. ATOMIC 1 TO 4 DISTANCES (DIHEDRALS) AND 2. ATOMIC DISPLACEMENT DISPLACEMENT PARAMETERS BETWEEN HOMOLOGOUS ATOMS, AMONG THE SEVEN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, WERE RESTRAINED TO THEIR COMMON VALUES. 3. THE STEREOCHEMISTRY OF THE METAL CENTERS AND THEIR LIGANDS WERE RESTRAINED TO THEIR COMMON GEOMETRY WITHOUT TARGET VALUES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2729 2491 4.8 %THIN SHELLS
all0.2148 52097 --
obs0.2196 -99.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5395
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5390 0 112 109 5611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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