PDB-3bzr: Crystal structure of EscU C-terminal domain with N262D mutation, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzr

タイトル

Crystal structure of EscU C-terminal domain with N262D mutation, Space group P 41 21 2

要素

EscU

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / asparagine cyclyzation / Intein / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.646 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzr.cif.gz	39 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzr.ent.gz	27.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bzr_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bzr_full_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示
XML形式データ	3bzr_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	3bzr_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzpC 3bzsC 3bztC 3bzvC 3bzxC 3bzyC 3bzzC 3c00C 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jn8-d 2nrq-d 5euh-3 2owj-d 1xj3-d 4lmt-d 3rcp-d 3htu-1 2hcm-d 1wh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.928, 50.928, 100.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-79- HOH

#1: タンパク質	EscU 分子量: 15454.796 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: N262D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

EscU

分子量: 15454.796 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: N262D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: HEPES, Jeffamine ED-2001, NaCl, Tris, pH 6.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.646→45.41 Å / Num. all: 16688 / Num. obs: 16671 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.161 / Net I/σ(I): 14.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.646-1.71	12.6	0.824	1612	1.057	1	100
1.71-1.78	13.8	0.538	1616	0.929	1	100
1.78-1.86	14.1	0.366	1625	0.972	1	100
1.86-1.96	14.1	0.208	1648	1.072	1	99.9
1.96-2.08	14.1	0.136	1639	1.121	1	99.8
2.08-2.24	14.1	0.089	1649	1.236	1	99.8
2.24-2.46	14.3	0.067	1657	1.29	1	100
2.46-2.82	14.4	0.047	1683	1.204	1	100
2.82-3.54	14.9	0.033	1702	1.32	1	100
3.54-16	14.3	0.03	1840	1.343	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.646→16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.497 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	839	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
all	0.211	16688	-	-
obs	0.211	16599	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.646→16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	876	0	0	94	970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	948
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.998	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.502	3	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.557	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.506	24.524	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.752	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.784	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.123	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.32	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.184	1.5	799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.277	1.5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.326	2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.618	3	458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.354	4.5	340

LS精密化シェル

解像度: 1.646→1.689 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.681	69	-
R_work	0.526	1087	-
all	-	1156	-
obs	-	-	97.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.026	-3.4052	-0.5805	18.6334	-9.4801	26.2488	0.049	-1.4894	-0.4187	0.2497	-0.3224	-0.4494	-0.1468	0.1865	0.2734	0.0665	0.0775	0.0234	0.1879	0.027	0.1176	9.3329	-40.627	11.9502
2	23.7217	-11.6736	11.9272	7.329	-6.0349	9.7147	-0.518	-0.3929	-0.0233	0.3696	0.4026	0.0952	0.3244	0.0033	0.1154	0.1672	0.0662	0.0457	0.0573	-0.0134	0.0947	-1.6514	-33.9224	1.7051
3	7.0885	-0.9205	-4.4875	2.2216	0.2527	7.1345	-0.1174	0.2636	-0.075	-0.0895	0.0956	0.1063	0.2525	-0.073	0.0218	0.075	-0.0169	0.0157	0.0789	-0.0085	0.1006	-4.3973	-25.8498	-6.7993
4	3.4157	-1.6282	-0.6102	2.8793	0.8461	2.4462	-0.0722	-0.0629	-0.293	0.0455	0.1088	0.0991	0.2614	0.1503	-0.0366	0.0956	0.0241	0.0106	0.0737	0.0216	0.0998	-1.3972	-30.1935	-4.3613
5	2.9847	1.5195	-0.2365	4.006	0.6564	5.0844	-0.1272	0.303	0.063	-0.2437	0.1631	0.0273	-0.1833	0.0852	-0.0359	0.0736	-0.0081	0.0314	0.1134	0.0005	0.0569	-1.2295	-20.8959	-11.6023
6	5.7161	-4.1644	2.5597	5.1785	-2.5364	5.1375	0.078	-0.0033	0.3376	0.0416	-0.0463	-0.1666	-0.3192	0.2326	-0.0317	0.1224	0.0004	0.0224	0.0854	0.0023	0.0945	-4.5739	-14.8553	-1.7087
7	1.927	3.7546	1.4502	9.6156	4.1408	5.6018	-0.0827	0.5037	-0.0513	-0.4787	0.0878	0.545	-0.2274	-0.2771	-0.0051	0.0722	0.018	-0.0509	0.1582	-0.0196	0.1447	-12.8117	-19.6578	-11.1039
8	63.2197	-43.6583	-59.1256	80.8835	42.3074	66.8838	-0.4737	1.5445	-0.6629	1.7995	-0.3177	4.0896	0.088	-1.8359	0.7914	0.2003	-0.0387	0.0755	0.132	0.0263	0.3978	-21.1482	-26.7849	-7.3997

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	237 - 244	29 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	245 - 257	37 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	258 - 275	50 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	276 - 303	68 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	304 - 319	96 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	320 - 328	112 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	329 - 340	121 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	341 - 345	133 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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