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- PDB-3buo: Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3buo
タイトルCrystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in EGF receptor'
要素
  • 13-meric peptide from Epidermal growth factor receptor
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / Cbl / TKB / ligase / signal transduction / proto-oncogene / complex / Anti-oncogene / ATP-binding / Cell cycle / Disease mutation / Glycoprotein / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Secreted / Transferase / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / Metal-binding / SH2 domain / Ubl conjugation pathway / Zinc-finger / LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / entry of bacterium into host cell / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / entry of bacterium into host cell / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / Regulation of KIT signaling / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / mast cell degranulation / intracellular vesicle / Interleukin-6 signaling / response to testosterone / Signaling by EGFR / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / response to cobalamin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein insertion into membrane / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cerebral cortex cell migration / response to starvation / protein monoubiquitination / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / : / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / protein autoubiquitination / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / FLT3 signaling by CBL mutants / cellular response to epidermal growth factor stimulus / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to cadmium ion / positive regulation of DNA repair / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ephrin receptor binding / phosphotyrosine residue binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / neurogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / neuron projection morphogenesis / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / response to activity / Signal transduction by L1
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / EF-hand / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Recoverin; domain 1 / Ring finger / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor / E3 ubiquitin-protein ligase CBL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for a novel intrapeptidyl H-bond and reverse binding of c-Cbl-TKB domain substrates
著者: Ng, C. / Jackson, R.A. / Buschdorf, J.P. / Sun, Q. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.
履歴
登録2008年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月14日Group: Derived calculations
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年9月19日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn
Item: _diffrn_radiation.wavelength_id / _pdbx_entity_src_syn.details ..._diffrn_radiation.wavelength_id / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 13-meric peptide from Epidermal growth factor receptor
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
C: 13-meric peptide from Epidermal growth factor receptor
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4914
ポリマ－79,4914
非ポリマー00
水4,234235
1
A: 13-meric peptide from Epidermal growth factor receptor
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7462
ポリマ－39,7462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
2
C: 13-meric peptide from Epidermal growth factor receptor
D: E3 ubiquitin-protein ligase CBL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7462
ポリマ－39,7462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.862, 110.173, 55.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 13-meric peptide from Epidermal growth factor receptor / Receptor tyrosine-protein kinase ErbB-1 / EGFR


分子量: 1553.502 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1063-1075, pTyr-1069 phosphopeptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00533
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene ...Signal transduction protein CBL / Proto-oncogene c-CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / RING finger protein 55


分子量: 38192.090 Da / 分子数: 2
断片: c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55
Plasmid details: Cas-Br-M (murine) ecotropic retroviral transforming sequence
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P22681, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25M Na formate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 21945 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.228 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.6920.33519840.728183
2.69-2.820.30520540.702185.7
2.8-2.932.10.27820620.717187.5
2.93-3.082.30.24121030.853188.7
3.08-3.282.50.221870.974192.1
3.28-3.532.70.16222381.155193.7
3.53-3.882.90.13322731.341196.2
3.88-4.443.20.09723091.461196.4
4.44-5.63.40.08323431.486197.5
5.6-403.70.05723921.574198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBL

2cbl


解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4066
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1807 5.3 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs-17765 51.8 %-
溶媒の処理Bsol: 11.576 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.709 Å20 Å20 Å2
2--15.362 Å20 Å2
3----23.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5170 0 0 235 5405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.326
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ptr.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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