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万見
- PDB-1cnt: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cnt
タイトルCILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
要素CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
キーワードCYTOKINE / NEUROTROPHIC FACTOR / GROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of retinal cell programmed cell death / retinal rod cell differentiation / muscle organ morphogenesis / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of axon regeneration / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cell surface receptor signaling pathway via STAT ...regulation of retinal cell programmed cell death / retinal rod cell differentiation / muscle organ morphogenesis / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of axon regeneration / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / glial cell projection / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / neuron development / astrocyte activation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / axon / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ciliary neurotrophic factor, CNTF / Ciliary neurotrophic factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTERBIUM (III) ION / Ciliary neurotrophic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mcdonald, N.Q. / Panayotatos, N. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of dimeric human ciliary neurotrophic factor determined by MAD phasing.
著者: McDonald, N.Q. / Panayotatos, N. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1996年6月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
2: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
3: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
4: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5039
ポリマ－85,9464
非ポリマー5575
水2,684149
1
1: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
4: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1654
ポリマ－42,9732
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
2: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
3: CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3385
ポリマ－42,9732
非ポリマー3653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.950, 62.090, 208.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.98461, 0.16803, -0.04808), (0.1716, 0.87722, -0.44838), (-0.03316, -0.44973, -0.89255)96.77232, 17.47824, 108.88966
2given(-0.76828, 0.63677, 0.06535), (0.63991, 0.76144, 0.10355), (0.01618, 0.12138, -0.99247)40.33489, -28.7394, 216.09

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要素

#1: タンパク質
CILIARY NEUROTROPHIC FACTOR / CNTF


分子量: 21486.400 Da / 分子数: 4 / 変異: 13 C-TERMINAL RESIDUES DELETED IN THIS CONSTRUCT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN CNTF / プラスミド: CLASSIFIED / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN CNTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26441
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.41 % / 解説: MAD EXPERIMENT AT LIII EDGE OF YTTERBIUM
結晶化
*PLUS
pH: 6.35 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
23.75 %PEG80001drop
30.075 Mammonium sulfate1drop
41 mMdithiothreitol1drop
525 mMsodium citrate1drop
67.5 %PEG80001reservoir
70.15 Mammonium sulfate1reservoir
82 mMdithiothreitol1reservoir
950 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.37 / 波長: 1.37, 1.39
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.371
21.391
反射解像度: 2.4→20 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射
*PLUS
Num. obs: 18227 / % possible obs: 92.8 % / Num. measured all: 40431

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 -
Rwork0.199 -
obs0.199 41229
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 21 149 4926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.087
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it21
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.351.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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