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万見
- PDB-3btr: AR-NLS:Importin-alpha complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3btr
タイトルAR-NLS:Importin-alpha complex
要素
  • Androgen receptor
  • Importin subunit alpha-2
キーワードHORMONE / importin-alpha-androgen receptor complex / Cytoplasm / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / Disease mutation / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Polymorphism / Steroid-binding / Transcription / Transcription regulation / Triplet repeat expansion / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


male somatic sex determination / prostate induction / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / male genitalia morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / positive regulation of integrin biosynthetic process / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / Sensing of DNA Double Strand Breaks ...male somatic sex determination / prostate induction / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / male genitalia morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / positive regulation of integrin biosynthetic process / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / Sensing of DNA Double Strand Breaks / animal organ formation / androgen binding / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / positive regulation of viral life cycle / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / prostate gland epithelium morphogenesis / cellular response to testosterone stimulus / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / membraneless organelle assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / morphogenesis of an epithelial fold / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / seminiferous tubule development / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / androgen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / single fertilization / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / regulation of protein localization to plasma membrane / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / molecular condensate scaffold activity / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / transcription coactivator binding / G protein-coupled receptor activity / beta-catenin binding / multicellular organism growth / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / nuclear receptor activity / male gonad development / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / MAPK cascade / cell-cell signaling / host cell / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. ...Androgen receptor / Androgen receptor / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / : / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Androgen receptor / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cutress, M.L. / Whitaker, H.C. / Mills, I.G. / Stewart, M. / Neal, D.E.
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the nuclear import of the human androgen receptor
著者: Cutress, M.L. / Whitaker, H.C. / Mills, I.G. / Stewart, M. / Neal, D.E.
履歴
登録2007年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Importin subunit alpha-2
B: Androgen receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8762
ポリマ－47,8762
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.274, 89.372, 98.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Karyopherin subunit alpha-2 / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1 / Pendulin / Pore targeting complex ...Karyopherin subunit alpha-2 / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / Importin alpha P1


分子量: 46298.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-496 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: See publication for complete details of expression, purification, and characterization
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 4


分子量: 1576.946 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 621-635 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: See publication for complete details of expression, characterization and purification
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10275
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.576→21.393 Å / Num. all: 2765 / Num. obs: 21477 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
REFMAC5.2.001位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EJY

1ejy


解像度: 2.6→20.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.422 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 1454 6.8 %RANDOM
Rwork0.18568 ---
obs0.18859 19981 98.61 %-
all-2765 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å20 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---4.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3363 0 0 33 3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9714653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9135576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.375440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86425.896134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27115600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3841512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21754
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1510.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.66352838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5965891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.906103555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.34551383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.88101098
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 74 -
Rwork0.245 1191 -
obs--81.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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