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万見
- PDB-3bdy: Dual specific bH1 Fab in complex with VEGF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bdy
タイトルDual specific bH1 Fab in complex with VEGF
要素
  • Fab Fragment -Heavy Chain
  • Fab Fragment -Light Chain
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードHORMONE / Fab Complex / Angiogenesis / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Growth factor / Heparin-binding / Mitogen / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / endothelial cell chemotaxis / lung vasculature development / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / retinal ganglion cell axon guidance / sprouting angiogenesis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / endothelial cell proliferation / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / positive regulation of focal adhesion assembly / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / heart morphogenesis / vasculogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / lactation / positive regulation of endothelial cell proliferation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / homeostasis of number of cells within a tissue
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bostrom, J.M. / Wiesmann, C. / Appleton, B.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Variants of the antibody herceptin that interact with HER2 and VEGF at the antigen binding site
著者: Bostrom, J. / Yu, S.F. / Kan, D. / Appleton, B.A. / Lee, C.V. / Billeci, K. / Man, W. / Peale, F. / Ross, S. / Wiesmann, C. / Fuh, G.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab Fragment -Heavy Chain
L: Fab Fragment -Light Chain
V: Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5554
ポリマ－60,4633
非ポリマー921
水84747
1
H: Fab Fragment -Heavy Chain
L: Fab Fragment -Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6063
ポリマ－48,5142
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
2
V: Vascular endothelial growth factor A

V: Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.600, 197.978, 77.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Fab Fragment -Heavy Chain


分子量: 24557.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab Fragment -Light Chain


分子量: 23956.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 1 / Fragment: sequence database residues 27-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGF, VEGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: For crystallization of the Fab/VEGF (8-109) complex, equal volumes of protein complex solution (10.6 mg/ml protein, 300 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5) and crystallization buffer containing 0. ...詳細: For crystallization of the Fab/VEGF (8-109) complex, equal volumes of protein complex solution (10.6 mg/ml protein, 300 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5) and crystallization buffer containing 0.15 D, L Malic Acid pH 7.0, 20% PEG3350 were mixed and equilibrated at 19 C. Prior to data collection the crystals were cryo-protected by transfer between drops containing 5%, 10% and 15% Glycerol in artificial mother liquor, followed by flash freeze in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 24755 / Num. obs: 24705 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.09 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2419 / Rsym value: 0.658 / Χ2: 0.876 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N8Z

1n8z


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 19.206 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1248 5.2 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 24225 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4072 0 6 47 4125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9545688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8053.0046899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1225524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83324.22173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21915674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4351518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.22648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3460.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.140.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7692.53373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5172.51063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.64554260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.672.51871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.82351428
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.653 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 93 -
Rwork0.304 1340 -
all-1433 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8860.66621.17643.7232-0.39632.04110.0087-0.22490.12240.1727-0.0860.0037-0.09410.13190.0773-0.2637-0.0369-0.0034-0.1109-0.009-0.2229-25.4998-52.30421.7867
28.85730.020.35584.85580.12682.6832-0.0486-1.31770.1570.94930.0889-0.1741-0.31-0.4198-0.04030.23650.0188-0.03860.0986-0.1095-0.1399-45.5629-27.66916.8947
34.4846-0.8891.1811.2973-0.32771.49730.00870.1869-0.1329-0.02950.01130.03920.0637-0.0473-0.02-0.2283-0.0530.0169-0.1765-0.0209-0.2066-43.4596-58.8465-10.6603
45.72542.74561.25666.75180.78942.6788-0.41130.27461.0980.28080.35320.207-0.966-0.13750.05810.16540.06070.0316-0.08060.01650.0534-52.8848-21.8276-6.5557
50.35960.8805-0.40529.184-3.20931.156-0.1310.0398-0.1964-1.34290.0132-0.04830.62670.0130.11780.35510.0473-0.0175-0.0513-0.09990.2601-33.1874-95.9046-7.692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1HA0 - 1153 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2HA116 - 215124 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3LB1 - 1091 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4LB110 - 213114 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5VC14 - 1087 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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