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万見
- PDB-3b76: Crystal structure of the third PDZ domain of human ligand-of-numb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b76
タイトルCrystal structure of the third PDZ domain of human ligand-of-numb protein-X (LNX1) in complex with the C-terminal peptide from the coxsackievirus and adenovirus receptor
要素E3 ubiquitin-protein ligase LNX
キーワードLIGASE / PDZ / bound ligand / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Metal-binding / Ubl conjugation pathway / Zinc-finger / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


synapse maturation / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / PDZ domain binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / protein ubiquitination / zinc ion binding ...synapse maturation / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / PDZ domain binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / protein ubiquitination / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PDZ domain / Pdz3 Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PDZ domain / Ring finger / PDZ domain profile. ...: / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / PDZ domain / Pdz3 Domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PDZ domain / Ring finger / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase LNX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Burgess-Brown, N. / Berridge, G. / Elkins, J. / Bunkoczi, G. / Pike, A.C.W. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...Ugochukwu, E. / Burgess-Brown, N. / Berridge, G. / Elkins, J. / Bunkoczi, G. / Pike, A.C.W. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Doyle, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the third PDZ domain of human ligand-of-numb protein-X (LNX1) in complex with the C-terminal peptide from the coxsackievirus and adenovirus receptor.
著者: Ugochukwu, E. / Burgess-Brown, N. / Berridge, G. / Elkins, J. / Bunkoczi, G. / Pike, A.C.W. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Doyle, D.
履歴
登録2007年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999 SEQUENCE This is a C-terminal peptide from the coxsackievirus and adenovirus receptor.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase LNX
B: E3 ubiquitin-protein ligase LNX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7965
ポリマ－25,6492
非ポリマー1473
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.782, 58.449, 73.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 402 - 502 / Label seq-ID: 18 - 118

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase LNX / Numb-binding protein 1 / Ligand of Numb-protein X 1


分子量: 12824.500 Da / 分子数: 2 / 断片: Third PDZ domain: Residues 504-594 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNX1, LNX / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-Rosetta
参照: UniProt: Q8TBB1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.53M Potassium phosphate, 0.27M Sodium phosphate, 1% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99975 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→33.71 Å / Num. all: 22359 / Num. obs: 22359 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 23287 / Rsym value: 0.844 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2AWW, 2BYG, 2AWX, 2AWU, 2G2L

2aww

2byg

2awx

2awu

2g2l


解像度: 1.75→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.124 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20529 1144 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.17657 21214 --
obs0.17657 21214 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1513 0 9 124 1646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9862088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.91332542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8775201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.77224.36455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.64815279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.689159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.71151001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5665418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.19471618
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.1649559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.0211470
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A592medium positional0.70.5
2B633loose positional1.155
1A592medium thermal2.972
2B633loose thermal3.4410
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 67 -
Rwork0.224 1529 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.742-0.0921-0.20551.5999-0.0270.6760.03580.0660.018-0.18870.016-0.05560.00230.064-0.0519-0.01180.00610.0136-0.0431-0.0007-0.04596.61613.817914.0596
21.3140.3064-0.94890.48960.17071.8422-0.0102-0.0431-0.0461-0.0479-0.03550.04-0.0581-0.01970.0457-0.03860.0041-0.0075-0.0481-0.0162-0.0327-5.6228.596329.6785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA402 - 50218 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2BB401 - 50217 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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