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- PDB-4ann: Crystal Structure Staphylococcus aureus ESSB cytoplasmic fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ann
タイトルCrystal Structure Staphylococcus aureus ESSB cytoplasmic fragment
要素ESSB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE SECRETION / ESS TYPE VII SECRETION SYSTEM / VIRULENCE
機能・相同性Type VII secretion system EssB / Type VII secretion system EssB, C-terminal / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukC / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / plasma membrane / Type VII secretion system protein EssB
機能・相同性情報
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Zoltner, M. / Fyfe, P.K. / Palmer, T. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Characterization of Staphylococcus Aureus Essb, an Integral Membrane Component of the Type Vii Secretion System: Atomic Resolution Crystal Structure of the Cytoplasmic Segment.
著者: Zoltner, M. / Fyfe, P.K. / Palmer, T. / Hunter, W.N.
履歴
登録2012年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESSB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1231
ポリマ－25,1231
非ポリマー00
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.704, 58.646, 95.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESSB


分子量: 25123.406 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOPLASMIC FRAGMENT, RESIDUES 12-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: MODIFIED PET27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2G185
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 0.18 M AMMONIUM CITRATE PH5.0, 20 % (W/V) PEG3350, 0.25 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINEHYDROCHLORIDE, 5% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9814
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→58.74 Å / Num. obs: 100245 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.05→1.15 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.05→50 Å / Num. parameters: 17570 / Num. restraintsaints: 25556 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3.0 PERCENT (FINAL RFREE 0.158)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1808 4965 5.2 %RANDOM
all0.1384 95173 --
obs--93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 201 / Occupancy sum hydrogen: 1420.97 / Occupancy sum non hydrogen: 1636.02
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1453 0 0 199 1652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0275
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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