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万見
- PDB-2zfd: The crystal structure of plant specific calcium binding protein A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zfd
タイトルThe crystal structure of plant specific calcium binding protein AtCBL2 in complex with the regulatory domain of AtCIPK14
要素
  • Calcineurin B-like protein 2
  • Putative uncharacterized protein T20L15_90
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / calcium binding protein / protein-protein complex / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type vacuole membrane / response to abscisic acid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / potassium ion homeostasis / vacuole / plastid / response to glucose / response to salt stress ...plant-type vacuole membrane / response to abscisic acid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / potassium ion homeostasis / vacuole / plastid / response to glucose / response to salt stress / cytosolic ribosome / response to cold / calcium-mediated signaling / kinase binding / response to heat / response to oxidative stress / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / signal transduction / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Calcineurin B-like / Kinase associated domain 1, KA1 / EF hand / TATA-Binding Protein / EF-hand domain pair / EF-hand ...NAF domain / NAF/FISL domain / NAF domain / NAF domain profile. / Calcineurin B-like / Kinase associated domain 1, KA1 / EF hand / TATA-Binding Protein / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Calcineurin B-like protein 2 / CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Akaboshi, M. / Hashimoto, H. / Ishida, H. / Koizumi, N. / Sato, M. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of plant-specific calcium-binding protein AtCBL2 in complex with the regulatory domain of AtCIPK14
著者: Akaboshi, M. / Hashimoto, H. / Ishida, H. / Saijo, S. / Koizumi, N. / Sato, M. / Shimizu, T.
履歴
登録2007年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcineurin B-like protein 2
B: Putative uncharacterized protein T20L15_90
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,25710
ポリマ－39,8962
非ポリマー3618
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-85.5 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.092, 45.481, 92.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calcineurin B-like protein 2 / SOS3-like calcium-binding protein 1


分子量: 25841.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CBL2 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LAS7
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein T20L15_90 / Putative uncharacterized protein At5g01820 / CBL-interacting protein kinase 14 / Serine/threonine ...Putative uncharacterized protein At5g01820 / CBL-interacting protein kinase 14 / Serine/threonine protein kinase


分子量: 14055.048 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 305-427 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CIPK14 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LZW4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.86 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9796, 0.9798, 0.9645
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97981
30.96451
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 85565 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.128 / SU ML: 0.024 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19162 4271 5 %RANDOM
Rwork0.17971 ---
obs0.18032 80720 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.18 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 14 236 2637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9553307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85634063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31624.622119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.73615448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1331515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.090.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0790.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.81.51557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.5606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1822410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88731021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7954.5896
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 294 -
Rwork0.201 5593 -
obs--90.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1778 Å / Origin y: 8.5398 Å / Origin z: 21.8775 Å
111213212223313233
T-0.0122 Å2-0.0071 Å2-0.0015 Å2--0.0107 Å2-0.0016 Å2---0.0114 Å2
L0.2273 °2-0.004 °2-0.0399 °2-0.1506 °20.0402 °2--0.1646 °2
S0.0146 Å °-0.0314 Å °0.0158 Å °0.0317 Å °0.0006 Å °-0.0159 Å °-0.0151 Å °0.0219 Å °-0.0152 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 221
2X-RAY DIFFRACTION1A234 - 385
3X-RAY DIFFRACTION1B2
4X-RAY DIFFRACTION1A227 - 233
5X-RAY DIFFRACTION1B308 - 426
6X-RAY DIFFRACTION1A32 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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