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万見
- PDB-5jp6: Bdellovibrio bacteriovorus peptidoglycan deacetylase Bd3279 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jp6
タイトルBdellovibrio bacteriovorus peptidoglycan deacetylase Bd3279
要素Putative polysaccharide deacetylase
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan deacetylase CE-4 carbohydrate esterase 4
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative polysaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lovering, A.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J015229/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Interrupting peptidoglycan deacetylation during Bdellovibrio predator-prey interaction prevents ultimate destruction of prey wall, liberating bacterial-ghosts.
著者: Lambert, C. / Lerner, T.R. / Bui, N.K. / Somers, H. / Aizawa, S. / Liddell, S. / Clark, A. / Vollmer, W. / Lovering, A.L. / Sockett, R.E.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn_type.id
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0553
ポリマ－42,9661
非ポリマー902
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.434, 112.434, 79.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Putative polysaccharide deacetylase


分子量: 42965.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus HD100 (バクテリア)
遺伝子: Bd3279 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q6MI90, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 % / 解説: diamond
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na cacodylate pH 6.5 0.2M Mg acetate 20% w/v/ PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→97.37 Å / Num. obs: 91430 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 25.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C1G

2c1g


解像度: 1.5→97.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.88 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1668 4581 5 %RANDOM
Rwork0.1448 ---
obs0.1458 86803 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.33 Å2 / Biso mean: 29.028 Å2 / Biso min: 16.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å2-0 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→97.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2689 0 2 265 2956
Biso mean--30.18 36.09 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9433809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86336147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5585356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39923.826149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68715504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2211528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8252.6171376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7872.6131375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3983.9321716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.28635492
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.609582
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.85655616
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 361 -
Rwork0.252 6216 -
all-6577 -
obs--97.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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