+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n2f | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Structure of PD-L1/small-molecule inhibitor complex | ||||||||||||||||||||||||
Components | (Programmed cell death 1 ligand 1) x 2 | ||||||||||||||||||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / PD-L1 / PD-1 / small-molecule inhibitor | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Guzik, K. / Zak, K.M. / Grudnik, P. / Dubin, G. / Holak, T.A. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | Poland, 7items
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Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2017 Title: Small-Molecule Inhibitors of the Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 (PD-1/PD-L1) Interaction via Transiently Induced Protein States and Dimerization of PD-L1. Authors: Guzik, K. / Zak, K.M. / Grudnik, P. / Magiera, K. / Musielak, B. / Torner, R. / Skalniak, L. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5n2f.cif.gz | 125.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5n2f.ent.gz | 97.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5n2f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5n2f_validation.pdf.gz | 699.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5n2f_full_validation.pdf.gz | 701.8 KB | Display | |
Data in XML | 5n2f_validation.xml.gz | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5n2f_validation.cif.gz | 22.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5n2dC 5c3tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14402.465 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NZQ7 |
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#2: Protein | Mass: 14126.172 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NZQ7 |
#3: Chemical | ChemComp-8HW / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.01 M Tris pH 8.4 , 0.28 M sodium chloride, 27% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 6, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→36.84 Å / Num. all: 222441 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 33.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.761 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 12071 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5c3t Resolution: 1.7→36.837 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→36.837 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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