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万見
- PDB-5j8o: Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8o
タイトルStructure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-L1 / Programmed cell death 1 ligand 1 / cell cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6GZ / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zak, K.M. / Grudnik, P. / Guzik, K. / Zieba, B.J. / Musielak, B. / Doemling, P. / Dubin, G. / Holak, T.A.
資金援助 ポーランド, 7件
組織認可番号国
European Community Framework ProgrammeMarie Curie FP7-Reintegration-Grant ポーランド
National Science CentreUMO-2012/06/A/ST5/00224 ポーランド
National Science CentreUMO-2014/12/W/NZ1/00457 ポーランド
National Science CentreUMO-2011/01/D/NZ1/01169 ポーランド
National Science CentreUMO-2012/07/E/NZ1/01907 ポーランド
European Union structural fundsPOIG.02.01.00-12-064/08 ポーランド
European Union structural fundsPOIG.02.01.00-12-167/08 ポーランド
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2016
タイトル: Structural basis for small molecule targeting of the programmed death ligand 1 (PD-L1).
著者: Zak, K.M. / Grudnik, P. / Guzik, K. / Zieba, B.J. / Musielak, B. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7473
ポリマ－28,2522
非ポリマー4941
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.313, 55.182, 141.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14126.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物 ChemComp-6GZ / (2R)-1-({3-bromo-4-[(2-methyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}methyl)piperidine-2-carboxylic acid


分子量: 494.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28BrNO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M ammonium formate and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.26 Å / Num. obs: 12626 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.465

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.18 Å43.54 Å
Translation2.18 Å43.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5c3t

5c3t


解像度: 2.3→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 10.253 / SU ML: 0.25 / SU R Cruickshank DPI: 0.3909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.289
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3052 610 4.8 %RANDOM
Rwork0.2412 ---
obs0.2445 11974 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.7 Å2 / Biso mean: 44.112 Å2 / Biso min: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.23 Å20 Å20 Å2
2--2.3 Å2-0 Å2
3----4.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1906 0 32 30 1968
Biso mean--42.77 46.53 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.9752689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08934280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.035244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.25424.88486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2415322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.198157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2140.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3024.369982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3014.368983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7596.5411224
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 32 -
Rwork0.267 846 -
all-878 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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