PDB-2zfc: X-ray crystal structure of an engineered N-terminal HIV-1 GP41 tr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zfc

タイトル

X-ray crystal structure of an engineered N-terminal HIV-1 GP41 trimer with enhanced stability and potency

要素

HIV-1 GP41

キーワード

VIRAL PROTEIN / hiv-1 / gp41

機能・相同性

Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Dwyer, J.J. / Wilson, K.L. / Martin, K. / Seedorff, J.E. / Hasan, A. / Kim, H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Design of an engineered N-terminal HIV-1 gp41 trimer with enhanced stability and potency
著者: Dwyer, J.J. / Wilson, K.L. / Martin, K. / Seedorff, J.E. / Hasan, A. / Medinas, R.J. / Davison, D.K. / Feese, M.D. / Richter, H.T. / Kim, H. / Matthews, T.J. / Delmedico, M.K.

履歴

登録	2007年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zfc.cif.gz	39.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zfc.ent.gz	28.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/2zfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/2zfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d0t-2 7jh6-2 3p4a-d 1g1j-1 4cgb-1 4j41-2 3vyi-4 3m9h-1 3bnr-2 4ppe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 GP41

B: HIV-1 GP41

C: HIV-1 GP41

16.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.569, 103.569, 44.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質・ペプチド	HIV-1 GP41 分子量: 5558.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10%(v/v) iso-propanol, 0.1M Na Citrate pH 5.6, 10%(w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic Blue
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 28563 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 24.9 Å² / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 44
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.312 / % possible all: 68.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
StructureStudio		データ収集
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.266	-
R_work	0.221	-
obs	-	28563

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.739 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1046	0	0	185	1231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.9

LS精密化シェル

最高解像度: 1.5 Å / R_factor R_free: 0.266 / R_factor R_work: 0.221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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