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- PDB-3vyi: Crystal Structure of a trimeric coiled-coil (I/I-type) assembly d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vyi
タイトルCrystal Structure of a trimeric coiled-coil (I/I-type) assembly domain from the voltage-gated proton channel mutant
要素Voltage-gated hydrogen channel 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / coiled-coil / assembly / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated proton channel activity / Sperm Motility And Taxes / regulation of acrosome reaction / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to pH / response to pH / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to zinc ion / response to zinc ion / sperm flagellum ...voltage-gated proton channel activity / Sperm Motility And Taxes / regulation of acrosome reaction / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to pH / response to pH / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to zinc ion / response to zinc ion / sperm flagellum / monoatomic ion channel complex / Neutrophil degranulation / proton transmembrane transport / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of intracellular pH / phagocytic vesicle membrane / apical plasma membrane / innate immune response / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated hydrogen channel 1, C-terminal membrane-localisation domain / Voltage-gated hydrogen channel 1 / C-terminal membrane-localisation domain of ion-channel, VCN1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ion transport domain / Ion transport protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated hydrogen channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.305 Å
データ登録者Fujiwara, Y. / Takeshita, K. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: J.Physiol.(Paris) / 年: 2013
タイトル: Gating of the designed trimeric/tetrameric voltage-gated H+ channel.
著者: Fujiwara, Y. / Kurokawa, T. / Takeshita, K. / Nakagawa, A. / Larsson, H.P. / Okamura, Y.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated hydrogen channel 1
B: Voltage-gated hydrogen channel 1
D: Voltage-gated hydrogen channel 1
C: Voltage-gated hydrogen channel 1
E: Voltage-gated hydrogen channel 1
F: Voltage-gated hydrogen channel 1
H: Voltage-gated hydrogen channel 1
G: Voltage-gated hydrogen channel 1
I: Voltage-gated hydrogen channel 1
J: Voltage-gated hydrogen channel 1
K: Voltage-gated hydrogen channel 1
L: Voltage-gated hydrogen channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,06112
ポリマ－71,06112
非ポリマー00
水2,882160
1
A: Voltage-gated hydrogen channel 1
B: Voltage-gated hydrogen channel 1
C: Voltage-gated hydrogen channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7653
ポリマ－17,7653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9320 Å2
手法PISA
2
D: Voltage-gated hydrogen channel 1
E: Voltage-gated hydrogen channel 1
F: Voltage-gated hydrogen channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7653
ポリマ－17,7653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9450 Å2
手法PISA
3
H: Voltage-gated hydrogen channel 1
G: Voltage-gated hydrogen channel 1
I: Voltage-gated hydrogen channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7653
ポリマ－17,7653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area8450 Å2
手法PISA
4
J: Voltage-gated hydrogen channel 1
K: Voltage-gated hydrogen channel 1
L: Voltage-gated hydrogen channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7653
ポリマ－17,7653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.273, 84.010, 88.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated hydrogen channel 1 / Hydrogen voltage-gated channel 1 / HV1 / Voltage sensor domain-only protein / mVSOP


分子量: 5921.762 Da / 分子数: 12 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 220-269
変異: L227I, I230N, N231I, I232N, L234L, L241I, C245I, K248I, l255I, L259I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hvcn1, Bts, Vsop / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3U2S8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M AmSO4, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 27731 / Num. obs: 27673 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 31.07
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.3-2.34197.7
2.34-2.38198.6
2.38-2.43198.7
2.43-2.48198.8
2.48-2.53199.7
2.53-2.59199.4
2.59-2.66199.5
2.66-2.73199.6
2.73-2.81199.6
2.81-2.9199.8
2.9-3199.7
3-3.12199.9
3.12-3.26199.9
3.26-3.44199.9
3.44-3.65199.9
3.65-3.93199.9
3.93-4.331100
4.33-4.951100
4.95-6.24199.9
6.24-50192.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP& PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.305→39.114 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2948 1396 5.04 %
Rwork0.2324 --
obs0.2356 27673 98.74 %
all-27731 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.401 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6009 Å20 Å20 Å2
2---0.1526 Å2-0 Å2
3---6.7535 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.305→39.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4369 0 0 160 4529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0265835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9381799
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004752
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3046-2.38690.33691300.244247494
2.3869-2.48250.2721380.228257699
2.4825-2.59540.33891400.21652629100
2.5954-2.73220.28881380.2303258899
2.7322-2.90340.30981390.23962654100
2.9034-3.12740.33011270.24542646100
3.1274-3.4420.27391310.24172648100
3.442-3.93970.27441680.21442651100
3.9397-4.9620.2681340.20292705100
4.962-39.11960.32541510.2725270696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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