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- PDB-2zcj: Ternary structure of the Glu119Gln M.HhaI, C5-Cytosine DNA methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zcj
タイトルTernary structure of the Glu119Gln M.HhaI, C5-Cytosine DNA methyltransferase, with unmodified DNA and AdoHcy
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • Modification methylase HhaI
キーワードTRANSFERASE/DNA / Alpha and beta / 3-layer Sandwich / Methyltransferase / Restriction system / S-adenosyl-L-methionine / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HhaI
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / simulation annealing / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Shieh, F.K. / Reich, N.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu(119) Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI
著者: Shieh, F.K. / Reich, N.O.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
A: Modification methylase HhaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0554
ポリマ－44,6703
非ポリマー3841
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.470, 98.470, 321.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Construction
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Construction
#3: タンパク質 Modification methylase HhaI / Cytosine-specific methyltransferase HhaI / M.HhaI


分子量: 37041.223 Da / 分子数: 1 / Mutation: E119Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
遺伝子: hhaIM / プラスミド: pHSHW-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P05102, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Sodium Citrate, 1.6-2.1 Ammonium Sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium citrate11
2ammonium sulfate11
3H2O11
4sodium citrate12
5ammonium sulfate12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 18897 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.071
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.365 / Num. unique all: 2691 / Rsym value: 0.509

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: simulation annealing / 解像度: 2.75→8.64 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.266 -
Rwork0.218 -
obs-16061
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→8.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2606 506 26 72 3210
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.78 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.34 -
Rwork0.293 -
obs-53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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