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- PDB-2yz4: The neutron structure of concanavalin A at 2.2 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yz4
タイトルThe neutron structure of concanavalin A at 2.2 Angstroms
要素Concanavalin A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PROTONATION STATES
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ahmed, H.U. / Blakeley, M.P. / Cianci, M. / Hubbard, J.A. / Helliwell, J.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: The determination of protonation states in proteins.
著者: Ahmed, H.U. / Blakeley, M.P. / Cianci, M. / Cruickshank, D.W. / Hubbard, J.A. / Helliwell, J.R.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02017年10月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_nat ...atom_site / entity_src_nat / pdbx_distant_solvent_atoms / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _software.classification / _software.name
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7173
ポリマ－25,6221
非ポリマー952
水1,51384
1
A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,87012
ポリマ－102,4904
非ポリマー3808
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.377, 87.314, 63.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Concanavalin A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: batch dialysis / pH: 6.5
詳細: 0.1M NaNO3, 0.05M Tris-acetate, 1mM MnCl2, 1mM CaCl2, pH 6.5, BATCH DIALYSIS, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 2.9-3.9
検出器タイプ: IMAGE PLATE / 検出器: LADI / 日付: 2005年6月1日
放射モノクロメーター: MULTI MIRROR BANDPASS FILTER / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.91
23.91
反射解像度: 2.181→33.653 Å / Num. all: 8512 / Num. obs: 8512 / % possible obs: 67.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rsym value: 0.213 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.3240.3141.934848610.31446.9
2.32-2.464.30.3132.137438620.31350.1
2.46-2.634.40.2922.337408550.29252.4
2.63-2.844.70.2892.341848870.28959
2.84-3.115.50.2592.652269560.25969.5
3.11-3.486.90.2412.7708010320.24181
3.48-4.028.60.2233859810050.22390.1
4.02-4.929.60.1972.987259090.19794.3
4.92-6.9680.1513.858327290.15196.1
6.96-33.655.20.1144.521474160.11494.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
LADISPECデータ収集
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータ削減
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NLS

1nls


解像度: 2.2→33.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 2980363.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 466 3.6 %RANDOM
Rwork0.279 ---
all0.281 8511 --
obs0.281 8511 66.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.035 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.283 Å20 Å20 Å2
2---13.968 Å20 Å2
3---4.685 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 2 84 1895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.0151.5
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg2.22
NEUTRON DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.32
NEUTRON DIFFRACTIONc_improper_angle_d10.582.5
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
NEUTRON DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
NEUTRON DIFFRACTIONc_scbond_it1.362
NEUTRON DIFFRACTIONc_scangle_it2.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 53 5.3 %
Rwork0.34 944 -
obs-997 47.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
NEUTRON DIFFRACTION1protein-H-D-planar.paramion.top
NEUTRON DIFFRACTION2ion.paramwat.top
NEUTRON DIFFRACTION3wat.paramprotein-H-D-planar.top
NEUTRON DIFFRACTION4protein-H-D-planar.param
NEUTRON DIFFRACTION5ion.param
NEUTRON DIFFRACTION6wat.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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