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- PDB-2yh0: Solution structure of the closed conformation of human U2AF65 tan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yh0
タイトルSolution structure of the closed conformation of human U2AF65 tandem RRM1 and RRM2 domains
要素SPLICING FACTOR U2AF 65 KDA SUBUNIT
キーワードTRANSCRIPTION / PRE-MRNA SPLICING / RNA BINDING PROTEIN / MRNA PROCESSING
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / MODIFIED ARIA
データ登録者Mackereth, C.D. / Madl, T. / Simon, B. / Zanier, K. / Gasch, A. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Multi-Domain Conformational Selection Underlies Pre-Mrna Splicing Regulation by U2Af
著者: Mackereth, C.D. / Madl, T. / Bonnal, S. / Simon, B. / Zanier, K. / Gasch, A. / Rybin, V. / Valcarcel, J. / Sattler, M.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPLICING FACTOR U2AF 65 KDA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5111
ポリマ－21,5111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 SPLICING FACTOR U2AF 65 KDA SUBUNIT / U2 AUXILIARY FACTOR 65 KDA SUBUNIT / HUMAN U2AF65 / U2 SNRNP AUXILIARY FACTOR LARGE SUBUNIT / HU2AF(65)


分子量: 21510.525 Da / 分子数: 1
断片: TANDEM RRM1 AND RRM2 DOMAINS JOINED BY NATIVE LINKER, RESIDUES 148-342
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P26368

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H
12115N HSQC (PRE)

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 70 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 295.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
Sparky構造決定
精密化手法: MODIFIED ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: FINAL WATER REFINEMENT. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A MULTI-STEP PROTOCOL. FIRST WITH REFINEMENT OF INDIVIDUAL STRUCTURED DOMAINS FOR RRM1 AND RRM2 OF U2AF65. THE INITIAL COORDINATES ...詳細: FINAL WATER REFINEMENT. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A MULTI-STEP PROTOCOL. FIRST WITH REFINEMENT OF INDIVIDUAL STRUCTURED DOMAINS FOR RRM1 AND RRM2 OF U2AF65. THE INITIAL COORDINATES OF THE ISOLATED DOMAINS WERE BASED ON PDB ID 2G4B BY SICKMIER ET AL. 2006. MOL. CELL 23, 49- 59. SECOND STEP IS ADDITION AND RANDOMIZATION OF FLEXIBLE AND LINKER RESIDUES. THE THIRD STEP IS MODEL CALCULATION USING RDC ORIENTATION, PRE-BASED DISTANCE, TALOS DIHEDRAL AND HYDROGEN BOND RESTRAINTS WITH THE RRM1 AND RRM2 DOMAINS RESTRAINED TO THEIR INITIAL STARTING STRUCTURES. STRUCTURE CALCULATION INCLUDED DISTANCE RESTRAINTS BASED ON PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENT DATA FROM SEVEN INDEPENDENT CYSTEINE MUTANTS (N155C, A164C, A171C, T209C, D273C, A287C AND A318C) COVALENTLY MODIFIED BY 3-(2- IODOACETAMIDO)-2,2,5,5, TETRAMETHYL-1- PYRROLIDINYLOXY RADICAL (IODOACETAMIDO-PROXYL).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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