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- PDB-1jmt: X-ray Structure of a Core U2AF65/U2AF35 Heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jmt
タイトルX-ray Structure of a Core U2AF65/U2AF35 Heterodimer
要素
  • SPLICING FACTOR U2AF 35 KDA SUBUNIT
  • SPLICING FACTOR U2AF 65 KDA SUBUNIT
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM / RNA SPLICING / PROLINE / PPII HELIX / PEPTIDE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


RS domain binding / U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome ...RS domain binding / U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Cajal body / catalytic step 2 spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 auxiliary factor small subunit / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif ...U2 auxiliary factor small subunit / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / Splicing factor U2AF 35 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kielkopf, C.L. / Rodionova, N.A. / Green, M.R. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: A novel peptide recognition mode revealed by the X-ray structure of a core U2AF35/U2AF65 heterodimer.
著者: Kielkopf, C.L. / Rodionova, N.A. / Green, M.R. / Burley, S.K.
履歴
登録2001年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPLICING FACTOR U2AF 35 KDA SUBUNIT
B: SPLICING FACTOR U2AF 65 KDA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6574
ポリマ－15,4212
非ポリマー2362
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.520, 49.740, 92.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222

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要素

#1: タンパク質 SPLICING FACTOR U2AF 35 KDA SUBUNIT / U2 SNRNP AUXILIARY FACTOR SMALL SUBUNIT


分子量: 12039.095 Da / 分子数: 1 / 変異: C67S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q01081
#2: タンパク質・ペプチド SPLICING FACTOR U2AF 65 KDA SUBUNIT / U2 SNRNP AUXILIARY FACTOR LARGE SUBUNIT


分子量: 3382.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26368
#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: PEG mme5000, sodium acetate, 1,6-hexanediol, MES, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1500 mMsodium acetate1reservoir
2100 mMMES1reservoir
315 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
45 %(w/v)1,6-hexanediol1reservoir
50.5 mMTCEP1reservoir
645 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2510.979
シンクロトロンCHESS F220.9793,0.9791,0.9649
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年11月14日
BRANDEIS - B42CCD2000年12月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) crystalsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) crystalsMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97931
30.97911
40.96491
反射解像度: 2.2→19.34 Å / Num. all: 9935 / Num. obs: 9935 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 40388
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 5.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2041662.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 693 7 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 9935 97.4 %-
all-9935 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 156.287 Å2 / ksol: 0.666393 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2--7.46 Å20 Å2
3----7.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数999 0 16 118 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.352.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 113 7 %
Rwork0.257 1506 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2HEZ.PARAMHEZ.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.273 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rwork: 0.257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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