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- PDB-2yft: Crystal structure of inulosucrase from Lactobacillus johnsonii NC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yft
タイトルCrystal structure of inulosucrase from Lactobacillus johnsonii NCC533 in complex with 1-kestose
要素LEVANSUCRASE
キーワードTRANSFERASE / FRUCTOSYLTRANSFERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY GH68
機能・相同性
機能・相同性情報


inulosucrase / inulosucrase activity / levansucrase activity / carbohydrate utilization / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-kestose / ACETATE ION / Inulosucrase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOBACILLUS JOHNSONII (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pijning, T. / Anwar, M.A. / Leemhuis, H. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Inulosucrase from Lactobacillus: Insights Into the Substrate Specificity and Product Specificity of Gh68 Fructansucrases.
著者: Pijning, T. / Anwar, M.A. / Boger, M. / Dobruchowska, J.M. / Leemhuis, H. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Non-polymer description
改定 1.22011年8月31日Group: Database references
改定 1.32014年6月11日Group: Refinement description
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEVANSUCRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8048
ポリマ－63,8531
非ポリマー9517
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: LEVANSUCRASE
ヘテロ分子

A: LEVANSUCRASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,60816
ポリマ－127,7072
非ポリマー1,90214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area5770 Å2
ΔGint-107.3 kcal/mol
Surface area37210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.204, 171.204, 115.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 LEVANSUCRASE / INULOSUCRASE


分子量: 63853.359 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 145-708 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOBACILLUS JOHNSONII (乳酸菌) / 株: NCC533 / プラスミド: PETINUJ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q74K42, inulosucrase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / 1-kestose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: 1-kestose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][ha122h-2b_2-5]/1-2-2/a1-b2_b1-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 530分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 5% (V/V) 2-PROPANOL, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.89 Å / Num. obs: 72652 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OYG

1oyg


解像度: 1.85→43.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.614 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 145-175 AND 695-708 ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17801 3631 5 %RANDOM
Rwork0.1559 ---
obs0.15701 69021 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4079 0 58 524 4661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.9485843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9925536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82826.14215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27915693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.071511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5611.52608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07524207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74631670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9574.51627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 253 -
Rwork0.185 4990 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73440.57360.22040.73270.20690.64840.045-0.0624-0.03330.0449-0.0350.01550.1272-0.1509-0.010.0695-0.0277-0.00670.0865-0.00110.015341.63452.12445.626
21.09280.1314-0.03430.83970.22770.8732-0.0194-0.01650.1374-0.0408-0.030.1073-0.0741-0.0510.04940.08280.0017-0.01820.0381-0.02220.044848.12778.09244.472
30.74490.39650.06170.66150.07060.607-0.0256-0.0058-0.0079-0.0644-0.00570.06240.0287-0.0740.03130.067-0.0098-0.01790.0818-0.02820.027444.68259.55239.851
40000000000000000.0478000.047800.0478000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A176 - 271
2X-RAY DIFFRACTION2A277 - 425
3X-RAY DIFFRACTION3A426 - 691
4X-RAY DIFFRACTION4A692 - 694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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