PDB-2yfr: Crystal structure of inulosucrase from Lactobacillus johnsonii NCC533

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yfr

タイトル

Crystal structure of inulosucrase from Lactobacillus johnsonii NCC533

要素

LEVANSUCRASE

キーワード

TRANSFERASE / FRUCTOSYLTRANSFERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY GH68 / SUGAR UTILIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

inulosucrase / inulosucrase activity / levansucrase activity / carbohydrate utilization / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS JOHNSONII (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Pijning, T. / Anwar, M.A. / Leemhuis, H. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Inulosucrase from Lactobacillus: Insights Into the Substrate Specificity and Product Specificity of Gh68 Fructansucrases.
著者: Pijning, T. / Anwar, M.A. / Boger, M. / Dobruchowska, J.M. / Leemhuis, H. / Kralj, S. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2011年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yfr.cif.gz	248.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yfr.ent.gz	201.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yfr_validation.pdf.gz	470.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yfr_full_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示
XML形式データ	2yfr_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	2yfr_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yfsC 2yftC 1oygS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3c9f-1 5gj7-2 2yft-d 5lgg-d 1h78-d 3u7i-2 1no7-1 3u7i-1 4jke-d 1no7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

65.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

A: LEVANSUCRASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.007, 172.007, 114.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	LEVANSUCRASE / INULOSUCRASE 分子量: 63853.359 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 145-708 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LACTOBACILLUS JOHNSONII (乳酸菌) / 株: NCC533 / プラスミド: PETINUJ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74K42, inulosucrase

-
非ポリマー , 6種, 538分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 2 M (NH4)2)SO4, 5% (V/V) 2-PROPANOL, pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.935
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→41.76 Å / Num. obs: 85480 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OYG

1oyg

解像度: 1.75→121.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 3.201 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 145-175 ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16958	4012	5 %	RANDOM
R_work	0.15095	-	-	-
obs	0.15189	75901	93.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→121.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4197	0	113	515	4825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4486
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.952	6121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.073	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.07	26.089	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.397	15	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.034	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.619	1.5	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.173	2	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.048	3	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.382	4.5	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	302	-
R_work	0.223	5578	-
obs	-	-	93.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5007	-0.3612	0.9588	6.009	1.2603	8.627	0.2606	-0.5219	-0.3046	0.5574	-0.2036	0.317	1.1572	-0.7699	-0.057	0.2614	-0.236	-0.0223	0.2778	0.0878	0.1146	20.4866	33.2459	52.0222
2	1.9038	0.4018	-0.0431	0.645	0.016	0.7296	-0.0146	-0.106	-0.0132	0.023	0.0013	0.0712	0.1442	-0.1863	0.0133	0.1278	-0.0609	-0.0074	0.1482	-0.0249	0.0816	33.6652	47.4509	44.3624
3	0.5402	0.0789	0.0695	0.7223	0.2849	0.4364	-0.0131	0.0223	0.06	-0.0377	-0.0072	0.025	-0.0489	-0.0075	0.0203	0.1417	-0.0096	-0.0046	0.119	-0.0104	0.1196	54.9049	75.9654	42.5747
4	1.1297	0.3641	-0.2189	1.4673	-0.0472	0.829	0.0144	-0.0293	0.0905	0.0393	-0.0825	0.1221	-0.033	-0.1	0.0681	0.1083	0.006	-0.0148	0.1159	-0.0436	0.1385	40.2511	76.7422	45.5341
5	0.712	0.3596	0.0227	1.4522	-0.2978	0.599	0.0188	-0.1615	0.0344	0.0471	-0.0292	0.1652	0.0666	-0.1317	0.0104	0.0617	-0.0249	0.0073	0.1738	-0.0411	0.0854	31.5025	57.4671	48.3662
6	0.7432	0.1391	-0.0572	0.7238	0.2445	0.451	-0.038	0.0323	0.0326	-0.0809	-0.0157	0.0556	-0.0094	-0.0886	0.0538	0.1431	-0.0182	-0.0141	0.163	-0.0324	0.1353	45.1725	58.6981	38.5168
7	0.5469	0.1401	0.3797	0.7695	0.0362	1.1609	-0.0343	0.0878	-0.0383	-0.1055	0.0271	-0.0234	-0.0239	0.035	0.0072	0.112	-0.0107	0.0006	0.1233	-0.0335	0.0952	56.8591	62.9642	32.6336
8	1.8575	0.0994	-0.5721	2.3905	-0.7848	2.6428	-0.0158	-0.0246	-0.3295	-0.0355	-0.0281	0.0024	0.2992	0.0577	0.0439	0.1142	0.0079	-0.0089	0.1116	-0.0328	0.1702	64.8643	48.1281	42.2029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	176 - 200
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	201 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	239 - 367
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	368 - 447
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	448 - 518
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	519 - 611
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	612 - 671
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	672 - 708

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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