PDB-2xwa: Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xwa

タイトル

Crystal Structure of Complement Factor D Mutant R202A

要素

COMPLEMENT FACTOR D

キーワード

HYDROLASE / IMMUNE SYSTEM / SERINE PROTEASE / ALTERNATIVE PATHWAY

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Forneris, F. / Ricklin, D. / Wu, J. / Tzekou, A. / Wallace, R.S. / Lambris, J.D. / Gros, P.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structures of C3B in Complex with Factors B and D Give Insight Into Complement Convertase Formation.
著者: Forneris, F. / Ricklin, D. / Wu, J. / Tzekou, A. / Wallace, R.S. / Lambris, J.D. / Gros, P.

履歴

登録	2010年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xwa.cif.gz	184.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xwa.ent.gz	148.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xwa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xwa_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xwa_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	2xwa_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	2xwa_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/2xwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/2xwa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xw9C 2xwbC 2xwjC 1dsuS 1bio 1dfp 1dic 1dst 1fdp 1hfd C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fcr-3 6sju-5 5tca-3 6fuj-4 1hfd-d 5fbe-d 3qlr-1 2c2t-2 1qrz-3 6shh-7 6sju-8 4hoe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COMPLEMENT FACTOR D

B: COMPLEMENT FACTOR D

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COMPLEMENT FACTOR D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COMPLEMENT FACTOR D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.222, 67.491, 133.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	HIS	HIS	1	A	A	1 - 41	1 - 41
2	1	ILE	ILE	HIS	HIS	1	B	B	1 - 41	1 - 41
1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	1	A	A	50 - 105	50 - 105
2	2	LYS	LYS	VAL	VAL	1	B	B	50 - 105	50 - 105
1	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	A	A	107 - 155	107 - 155
2	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	B	B	107 - 155	107 - 155
1	4	CYS	CYS	ALA	ALA	1	A	A	204 - 228	204 - 228
2	4	CYS	CYS	ALA	ALA	1	B	B	204 - 228	204 - 228
1	5	CYS	CYS	GLY	GLY	6	A	A	42 - 49	42 - 49
2	5	CYS	CYS	GLY	GLY	6	B	B	42 - 49	42 - 49
1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	6	A	A	106	106
2	6	ARG	ARG	ARG	ARG	6	B	B	106	106
1	7	THR	THR	CYS	CYS	6	A	A	198 - 204	198 - 204
2	7	THR	THR	CYS	CYS	6	B	B	198 - 204	198 - 204
1	8	THR	THR	ASN	ASN	1	A	A	158 - 174	158 - 174
2	8	THR	THR	ASN	ASN	1	B	B	158 - 174	158 - 174
1	9	ARG	ARG	ARG	ARG	6	A	A	156 - 157	156 - 157
2	9	ARG	ARG	ARG	ARG	6	B	B	156 - 157	156 - 157
1	10	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	176 - 197	176 - 197
2	10	ARG	ARG	VAL	VAL	1	B	B	176 - 197	176 - 197
1	11	ARG	ARG	ARG	ARG	6	A	A	175	175
2	11	ARG	ARG	ARG	ARG	6	B	B	175	175

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: タンパク質	COMPLEMENT FACTOR D / ADIPSIN / C3 CONVERTASE ACTIVATOR / PROPERDIN FACTOR D 分子量: 24352.691 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PUPE.05.05 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-E / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 227 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 227 TO ALA
配列の詳細	RESIDUE NUMBERING IN COORDINATES FOLLOWS THAT OF THE MATURE PROTEIN. THIS APPLIES TO MUTATION R202A ...RESIDUE NUMBERING IN COORDINATES FOLLOWS THAT OF THE MATURE PROTEIN. THIS APPLIES TO MUTATION R202A IN THE COORDINATES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→67.49 Å / Num. obs: 10248 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.565 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DSU

1dsu

解像度: 2.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.85 / SU B: 42.762 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28297	491	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23757	-	-	-
obs	0.23982	9719	98.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3412	0	12	64	3488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.966	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.87	22.789	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.114	15	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.012	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.173	1.5	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.299	2	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.329	3	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.557	4.5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	300	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	300	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	430	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	430	tight positional	0.03	0.05
3	1	A	370	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	370	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	193	tight positional	0.08	0.05
4	2	B	193	tight positional	0.08	0.05
8	1	A	129	tight positional	0.03	0.05
8	2	B	129	tight positional	0.03	0.05
10	1	A	144	tight positional	0.04	0.05
10	2	B	144	tight positional	0.04	0.05
5	1	A	53	loose positional	1.12	5
5	2	B	53	loose positional	1.12	5
6	1	A	11	loose positional	0.66	5
6	2	B	11	loose positional	0.66	5
7	1	A	41	loose positional	0.61	5
7	2	B	41	loose positional	0.61	5
9	1	A	22	loose positional	0.85	5
9	2	B	22	loose positional	0.85	5
11	1	A	11	loose positional	0.59	5
11	2	B	11	loose positional	0.59	5
1	1	A	300	tight thermal	0.05	0.5
1	2	B	300	tight thermal	0.05	0.5
2	1	A	430	tight thermal	0.05	0.5
2	2	B	430	tight thermal	0.05	0.5
3	1	A	370	tight thermal	0.05	0.5
3	2	B	370	tight thermal	0.05	0.5
4	1	A	193	tight thermal	0.06	0.5
4	2	B	193	tight thermal	0.06	0.5
8	1	A	129	tight thermal	0.05	0.5
8	2	B	129	tight thermal	0.05	0.5
10	1	A	144	tight thermal	0.07	0.5
10	2	B	144	tight thermal	0.07	0.5
5	1	A	53	loose thermal	0.46	10
5	2	B	53	loose thermal	0.46	10
6	1	A	11	loose thermal	0.8	10
6	2	B	11	loose thermal	0.8	10
7	1	A	41	loose thermal	0.93	10
7	2	B	41	loose thermal	0.93	10
9	1	A	22	loose thermal	0.36	10
9	2	B	22	loose thermal	0.36	10
11	1	A	11	loose thermal	1.5	10
11	2	B	11	loose thermal	1.5	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.469	27	-
R_work	0.313	656	-
obs	-	-	91.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.2708 Å / Origin y: 17.1964 Å / Origin z: 33.1011 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0377 Å²	0.0252 Å²	0.0044 Å²	-	0.0424 Å²	0.0044 Å²	-	-	0.1892 Å²
L	1.3667 °²	0.2856 °²	-0.1184 °²	-	1.804 °²	0.946 °²	-	-	1.7626 °²
S	0.0265 Å °	0.0206 Å °	0.1119 Å °	0.1605 Å °	0.0286 Å °	-0.0705 Å °	0.116 Å °	0.0352 Å °	-0.0551 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 228

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)