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- PDB-6shh: Human kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 1 cova... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6shh | ||||||
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Title | Human kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 1 covalently bound to H57 | ||||||
![]() | Kallikrein-7 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Serine Protease / Covalent Inhibitor / Complex | ||||||
Function / homology | ![]() stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / secretory granule ...stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / secretory granule / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hanke, S. / Straeter, N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Studies on the Inhibitory Binding Mode of Aromatic Coumarinic Esters to Human Kallikrein-Related Peptidase 7. Authors: Hanke, S. / Tindall, C.A. / Pippel, J. / Ulbricht, D. / Pirotte, B. / Reboud-Ravaux, M. / Heiker, J.T. / Strater, N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 748.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 621.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6shiC ![]() 6sjuC ![]() 6y4sC ![]() 2qxiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 24481.160 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The inhibitor is covalently attached to H57 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P49862, stratum corneum chymotryptic enzyme |
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-Non-polymers , 5 types, 1246 molecules ![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
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![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/SH7.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-SH7 / ( #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2.9 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 8.5, 0.5- 2 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→48.49 Å / Num. obs: 138723 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 30.04 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rpim(I) all: 0.166 / Rrim(I) all: 0.37 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.04 Å / Redundancy: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 4.121 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5745 / CC1/2: 0.229 / Rrim(I) all: 4.638 / % possible all: 84.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2qxi Resolution: 2→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
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Displacement parameters | Biso max: 171.15 Å2 / Biso mean: 43.07 Å2 / Biso min: 18.46 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→47.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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