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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xof | ||||||
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タイトル | Ribonucleotide reductase Y122NO2Y modified R2 subunit of E. coli | ||||||
![]() | RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / RADICAL STORAGE / DNA REPLICATION / ALLOSTERIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / iron ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yokoyama, K. / Uhlin, U. / Stubbe, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Hot Oxidant, 3-No(2)Y(122) Radical, Unmasks Conformational Gating in Ribonucleotide Reductase. 著者: Yokoyama, K. / Uhlin, U. / Stubbe, J. #1: ![]() タイトル: Structure and Function of the Escherichia Coli Ribonucleotide Reductase Protein R2. 著者: Nordlund, P. / Eklund, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1av8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43471.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | META-NITRO-TYROSINE (NIY): SITE-SPECIFIC INCORPORAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.9 / 詳細: VAPOR DIFFUSION USING 90% OF SATURATED NACL, PH 7.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→80.29 Å / Num. obs: 59034 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AV8 解像度: 2.2→118.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.903 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.856 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→118.68 Å
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拘束条件 |
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