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- PDB-4r1r: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN WITH SUBSTRATE, GDP AND EFFEC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1r
タイトルRIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN WITH SUBSTRATE, GDP AND EFFECTOR DTTP FROM ESCHERICHIA COLI
要素
  • RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
  • RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
キーワードCOMPLEX (OXIDOREDUCTASE/PEPTIDE) / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / DEOXYRIBONUCLEOTIDE SYNTHESIS / RADICAL CHEMISTRY / ALLOSTERIC REGULATION / SPECIFICITY / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE) / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / iron ion binding / ATP binding ...ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / iron ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / RIGID BODY / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Eriksson, M. / Eklund, H.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Binding of allosteric effectors to ribonucleotide reductase protein R1: reduction of active-site cysteines promotes substrate binding.
著者: Eriksson, M. / Uhlin, U. / Ramaswamy, S. / Ekberg, M. / Regnstrom, K. / Sjoberg, B.M. / Eklund, H.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of Ribonucleotide Reductase Protein R1
著者: Uhlin, U. / Eklund, H.
履歴
登録1997年7月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
F: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
P: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,39713
ポリマ－266,6217
非ポリマー2,7766
水00
1
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
P: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3135
ポリマ－90,3883
非ポリマー9252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0424
ポリマ－88,1162
非ポリマー9252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
3
C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
F: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0424
ポリマ－88,1162
非ポリマー9252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
4
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
P: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
P: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
P: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,06527
ポリマ－535,51315
非ポリマー5,55212
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area38270 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area155520 Å2
手法PISA
5
C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
F: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,25124
ポリマ－528,69812
非ポリマー5,55212
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area36360 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area155640 Å2
手法PISA
6
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
P: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,3559
ポリマ－178,5045
非ポリマー1,8514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area55010 Å2
手法PISA
7
C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
F: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子

C: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
F: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,0848
ポリマ－176,2334
非ポリマー1,8514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area54950 Å2
手法PISA
8
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,25124
ポリマ－528,69812
非ポリマー5,55212
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area36800 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area155110 Å2
手法PISA
9
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
B: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
E: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,0848
ポリマ－176,2334
非ポリマー1,8514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area54880 Å2
手法PISA
10
A: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN
D: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0424
ポリマ－88,1162
非ポリマー9252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.020, 224.020, 335.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9084, 0.4181, 0.0034), (0.4181, 0.9084, 0.0006), (-0.0028, 0.002, -1)-54.269, 11.6517, -6.8774
2given(-0.7349, 0.6781, -0.0052), (-0.6781, -0.7349, -0.0008), (-0.0044, 0.0029, 1)-87.6897, 95.0882, 3.0033

-
要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 PROTEIN


分子量: 85845.023 Da / 分子数: 3 / 変異: C292A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: NRDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質・ペプチド
RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 PROTEIN


分子量: 2271.392 Da / 分子数: 4 / Fragment: C-TERMINAL PORTION, 20 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69924
#3: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 482.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.7 M LITHIUM SULFATE, AND 10 MM MAGNESIUM SULFATE IN 25 MM CITRATE BUFFER AT PH 6.0. THE PROTEIN SOLUTION CONTAINED 17 MG/ML R1 PROTEIN, 20-FOLD EXCESS FO A 20- ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.7 M LITHIUM SULFATE, AND 10 MM MAGNESIUM SULFATE IN 25 MM CITRATE BUFFER AT PH 6.0. THE PROTEIN SOLUTION CONTAINED 17 MG/ML R1 PROTEIN, 20-FOLD EXCESS FO A 20-RESIDUE PEPTIDE CORRESPONDING TO THE C-TERMINUS OF THE R2 SUBUNIT AND IS ESSENTIAL FOR CRYSTALLIZATION. 10 MM DTTP AND 10 MM GDP WAS ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION 48 H BEFORE FREEZING THE PROTEIN CRYSTALS
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Uhlin, U., (1993) FEBS Lett., 336, 148.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 %lithium sulphate1reservoir
210 mMmagnesium sulphate1reservoir
325 mMsodium citrate1reservoirpH6.0
430 mg/mlprotein1drop
515 mg/mlpeptide solution1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45 Å / Num. obs: 53514 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 93.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY / 解像度: 3.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 -2 %RANDOM
obs0.278 65054 96.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17925 0 174 0 18099
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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