PDB-2xkn: Crystal structure of the Fab fragment of the anti-EGFR antibody 7A7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xkn

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of the anti-EGFR antibody 7A7

要素

(ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Talavera, A. / Mackenzie, J. / Friemann, R. / Krengel, U.

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Fab Fragment of the Anti-Murine Egfr Antibody 7A7 and Exploration of its Receptor Binding Site.
著者: Talavera, A. / Mackenzie, J. / Garrido, G. / Friemann, R. / Lopez-Requena, A. / Moreno, E. / Krengel, U.

履歴

登録	2010年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月31日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xkn.cif.gz	396.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xkn.ent.gz	326.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xkn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xkn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xkn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2xkn_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	2xkn_validation.cif.gz	69.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/2xkn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hilS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u6m-d 3j3z-d 5wuv-d 1rz7-d 6amj-2 5i30-d 6amm-d 4kjp-3 1dqd-d 7jwp-3 4xcy-3 5bk5-4 3drt-d 2v7n-3 3qnx-d 4yny-1 1vpo-d 6o26-d 3hc0-2 7lk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

B: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

C: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

D: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

ヘテロ分子

96.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

D: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

B: ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.034, 57.327, 121.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2022- HOH
2	1	A-2136- HOH
3	1	C-2041- HOH
4	1	C-2118- HOH

#1: 抗体	ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7 分子量: 24628.053 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN (IGG1), RESIDUES 1-223 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	ANTI-EGFR ANTIBODY 7A7 分子量: 23124.041 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN (IGG1), RESIDUES 1-216 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDOMA / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 15% PEG 8000, 100 MM TRISAC BUFFER PH 9.0, 10 MM EDTA FROM THE HAMPTON ADDITIVE SCREEN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	検出器: CCD / 日付: 2007年5月16日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→23 Å / Num. obs: 191075 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HIL

1hil

解像度: 1.4→22.614 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 15.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1765	18824	5 %
R_work	0.1438	-	-
obs	0.1454	374113	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.638 Å² / k_sol: 0.376 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6487 Å²	0 Å²	-0.7135 Å²
2-	-	-10.022 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.3733 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→22.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6466	0	37	1112	7615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.247	9730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.254	2511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1255

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.2507	624	0.2036	11548	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4159-1.4326	0.2361	596	0.1992	11809	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4326-1.45	0.2322	615	0.1888	11682	X-RAY DIFFRACTION	98
1.45-1.4684	0.2007	576	0.1777	11782	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4684-1.4877	0.1931	641	0.1589	11739	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4877-1.5081	0.1813	680	0.1528	11742	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5081-1.5296	0.208	561	0.1544	11749	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5296-1.5524	0.1796	658	0.1361	11798	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5524-1.5767	0.1698	625	0.1293	11662	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5767-1.6025	0.1608	612	0.1202	11862	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6025-1.6302	0.1593	662	0.1155	11852	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6302-1.6598	0.1632	581	0.1194	11808	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6598-1.6917	0.1794	655	0.1161	11835	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6917-1.7262	0.1497	594	0.1071	11890	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7262-1.7638	0.1459	656	0.101	11781	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7638-1.8048	0.158	640	0.1069	11912	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8048-1.8499	0.1526	600	0.1055	11931	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8499-1.8999	0.1603	651	0.1091	11833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8999-1.9557	0.1546	619	0.115	11926	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9557-2.0188	0.1552	665	0.113	11851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0188-2.0909	0.1554	625	0.1183	11941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0909-2.1746	0.1584	592	0.1195	11974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1746-2.2735	0.1616	605	0.1286	11959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2735-2.3932	0.1828	650	0.1355	11941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3932-2.543	0.1747	641	0.1367	11913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.543-2.739	0.1752	620	0.1456	11931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.739-3.0141	0.1844	651	0.1607	11921	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0141-3.4489	0.1836	639	0.1564	11903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4489-4.3402	0.1518	655	0.1394	11939	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3402-22.6173	0.1748	635	0.1543	11875	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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