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万見
- PDB-2x2d: acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x2d
タイトルacetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex
要素
  • CAPSID PROTEIN P24
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
キーワードISOMERASE/VIRAL PROTEIN / ISOMERASE-VIRAL PROTEIN COMPLEX / ISOMERASE VIRAL PROTEIN COMPLEX / VIRAL PROTEIN / ISOMERASE / HOST-VIRUS INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / negative regulation of viral life cycle / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / Basigin interactions / protein peptidyl-prolyl isomerization / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / viral release from host cell / negative regulation of protein phosphorylation / Calcineurin activates NFAT / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of protein kinase B activity / neutrophil chemotaxis / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / positive regulation of protein secretion / peptidylprolyl isomerase / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / DNA integration / platelet activation / ISG15 antiviral mechanism / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / platelet aggregation / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / neuron differentiation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / integrin binding / unfolded protein binding / Platelet degranulation / protein folding / host cell / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to oxidative stress / viral nucleocapsid / secretory granule lumen / DNA recombination / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / positive regulation of MAPK cascade / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / focal adhesion / apoptotic process / lipid binding / Neutrophil degranulation / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / protein-containing complex / proteolysis / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / : ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / : / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Gag-Pol polyprotein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lammers, M. / Neumann, H. / Chin, J.W. / James, L.C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Acetylation Regulates Cyclophilin a Catalysis, Immunosuppression and HIV Isomerisation
著者: Lammers, M. / Neumann, H. / Chin, J.W. / James, L.C.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
D: CAPSID PROTEIN P24
E: CAPSID PROTEIN P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8274
ポリマ－68,8274
非ポリマー00
水3,747208
1
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
D: CAPSID PROTEIN P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4132
ポリマ－34,4132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-6.8 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
B: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A
E: CAPSID PROTEIN P24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4132
ポリマ－34,4132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-8.3 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.542, 109.995, 67.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A / PPIASE A / ROTAMASE A / CYCLOPHILIN A / CYCLOSPORIN A-BINDING PROTEIN / CYPA


分子量: 18077.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPTH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質 CAPSID PROTEIN P24 / CA / GAG POLYPROTEIN


分子量: 16335.771 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 133-278 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12493, UniProt: P12497*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.7
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.3 Å / Num. obs: 40235 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0100 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→66.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.158 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25695 1975 5 %RANDOM
Rwork0.19671 ---
obs0.19974 37521 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å20 Å2-0.46 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→66.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4720 0 0 208 4928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224827
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7771.9466512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0013.0018082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82824.486214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22115813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6021524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0761.53016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2971.51253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86624845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8431811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.454.51667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 144 -
Rwork0.273 2829 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7534-0.03530.15090.89120.29851.67260.01970.0360.0294-0.0178-0.0039-0.04760.0947-0.046-0.01580.019-0.01330.01470.0241-0.01170.027911.80152.006-18.6149
21.3501-0.53070.5322.02960.37771.87290.02890.0688-0.0165-0.2032-0.0220.0957-0.10.1167-0.00690.0429-0.0102-0.01580.01220.00160.0151-12.9064-41.3235-17.8416
30.7570.36260.52620.79160.49480.8476-0.04130.09910.06510.01310.0298-0.0626-0.0769-0.02860.01160.03140.00470.00960.03580.01260.08426.521-28.335911.8779
40.70440.4026-1.13881.0345-0.70612.1898-0.11080.21790.02130.1460.0752-0.00990.0606-0.24010.03560.0924-0.0743-0.02480.11960.00520.0643-8.6828-10.18912.1059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3D0 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4E0 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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