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- PDB-2x0x: Ribonucleotide reductase R1 subunit of E. coli to 2.3 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x0x
タイトルRibonucleotide reductase R1 subunit of E. coli to 2.3 A resolution
要素
  • RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
  • RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
キーワードOXIDOREDUCTASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ALTERNATIVE INITIATION / DNA REPLICATION / ALLOSTERIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / iron ion binding / ATP binding ...ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein folding chaperone / iron ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yokoyama, K. / Uhlin, U. / Stubbe, J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Site-Specific Incorporation of 3-Nitrotyrosine as a Probe of Pk(A) Perturbation of Redox-Active Tyrosines in Ribonucleotide Reductase.
著者: Yokoyama, K. / Uhlin, U. / Stubbe, J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of Ribonucleotide Reductase Protein R1.
著者: Uhlin, U. / Eklund, H.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
B: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
C: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
D: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
E: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
F: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
P: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,00510
ポリマ－266,7177
非ポリマー2883
水18,5191028
1
C: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
F: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)529,46718
ポリマ－528,89112
非ポリマー5766
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area26890 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area153170 Å2
手法PISA
2
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
B: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
D: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
E: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
B: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
D: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
E: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
B: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA
D: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
E: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)529,46718
ポリマ－528,89112
非ポリマー5766
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area26960 Å2
ΔGint-247.2 kcal/mol
Surface area153500 Å2
手法PISA
3
P: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 2.27 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2711
ポリマ－2,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.877, 223.877, 336.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2154-

HOH

21C-2155-

HOH

31C-2245-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT ALPHA / RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 R1 SUBUNIT / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE 1 / PROTEIN B1 / ...RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 R1 SUBUNIT / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE 1 / PROTEIN B1 / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R1 SUBUNIT


分子量: 85877.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SULPHATE ION H-BOND TO OH OF S625 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PBADMYCHISA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: P00452, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質・ペプチド
RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE 1 SUBUNIT BETA / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE 1 / PROTEIN B2 / PROTEIN R2


分子量: 2271.392 Da / 分子数: 4
Fragment: RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2-PEPTIDE, RESIDUES 357-376
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SULPHATE (SO4): SO4 H-BOND TO OH OF SER625

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: LITHIUM SULPHATE APP 1.5M, SODIUM CITRATE BUFFER PH APP 6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.08 Å / Num. obs: 142954 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 7.48 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.79
反射 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / 冗長度: 7.37 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R1R

1r1r


解像度: 2.3→169.031 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.506 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 268-273 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 7169 5.05 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.185 142954 99.987 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 37.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.293 Å20.147 Å20 Å2
2--0.293 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→169.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17826 0 15 1028 18869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02218219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.96124678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.09452225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46124.131886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.964153133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.28315117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.28708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.212462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7621.511436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.334217938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84537681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0334.56740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 523 -
Rwork0.229 10020 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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