PDB-2wrf: structure of H2 avian jena hemagglutinin with human receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wrf

タイトル

structure of H2 avian jena hemagglutinin with human receptor

要素

HEMAGGLUTININ

キーワード

VIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / LIPOPROTEIN / ENVELOPE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: From the Cover: Structures of Receptor Complexes Formed by Hemagglutinins from the Asian Influenza Pandemic of 1957.
著者: Liu, J. / Stevens, D.J. / Haire, L.F. / Walker, P.A. / Coombs, P.J. / Russell, R.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

履歴

登録	2009年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wrf_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wrf_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/2wrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wr0C 2wr1C 2wr2C 2wr3C 2wr4C 2wr5C 2wr7C 2wrbC 2wrcC 2wrdC 2wreC 2wrgC 2wrhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wr5-d 2wr1-d 4juk-1 1jsi-2 4juh-d 4wsv-d 4juj-d 2wr0-d 4jug-1 3qqe-1 2wrh-d 5vmf-d 6tzb-d 4unx-d 4jul-2 4k66-1 4k67-2 4k63-2 4k65-2 4yy1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#113 - 2009年5月
インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HEMAGGLUTININ

B: HEMAGGLUTININ

C: HEMAGGLUTININ

D: HEMAGGLUTININ

E: HEMAGGLUTININ

F: HEMAGGLUTININ

G: HEMAGGLUTININ

H: HEMAGGLUTININ

I: HEMAGGLUTININ

ヘテロ分子

516 kDa, 9 ポリマー
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1

D: HEMAGGLUTININ

E: HEMAGGLUTININ

F: HEMAGGLUTININ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 3 ポリマー
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2

A: HEMAGGLUTININ

B: HEMAGGLUTININ

C: HEMAGGLUTININ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 3 ポリマー
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3

G: HEMAGGLUTININ

H: HEMAGGLUTININ

I: HEMAGGLUTININ

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.173, 113.278, 184.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2
6	2
7	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 7:323 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 7:323 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 7:323 )
4	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 7:323 )
5	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 7:323 )
6	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 7:323 )
7	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 7:323 )
1	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 330:492 )
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 330:492 )
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 330:492 )
4	1	2	CHAIN H AND (RESSEQ 330:492 )
5	1	2	CHAIN I AND (RESSEQ 330:492 )
6	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 330:492 )
7	1	2	CHAIN F AND (RESSEQ 330:492 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

HEMAGGLUTININ

分子量: 57281.270 Da / 分子数: 9 / 断片: RESIDUES 1-507 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

INFLUENZA A VIRUS (A/CHICKEN/POTSDAM/4705/1984(H2N2)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q67326

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₉

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.21 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 93242 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 62.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.11

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→29.92 Å / SU ML: 2.59 / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 36.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3368	4652	5 %
R_work	0.2733	-	-
obs	0.2765	93242	92.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.215 Å² / k_sol: 0.256 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-17.2766 Å²	0 Å²	-6.9535 Å²
2-	-	24.8414 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.5648 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34524	0	53	0	34577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	35405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	47849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.55	12817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	5126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6241

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	G	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
1	3	C	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
1	4	E	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	5	F	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	6	H	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.042
1	7	I	2485	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
2	1	D	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
2	3	C	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
2	4	H	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	5	I	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
2	6	E	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
2	7	F	1303	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.1352	0.3917	133	0.35	2546	X-RAY DIFFRACTION	80
3.1352-3.172	0.3553	105	0.3489	2606	X-RAY DIFFRACTION	83
3.172-3.2107	0.4182	157	0.3544	2608	X-RAY DIFFRACTION	83
3.2107-3.2513	0.4229	137	0.3565	2679	X-RAY DIFFRACTION	84
3.2513-3.294	0.4455	126	0.3349	2696	X-RAY DIFFRACTION	85
3.294-3.3391	0.4062	145	0.3264	2743	X-RAY DIFFRACTION	87
3.3391-3.3867	0.3588	155	0.3308	2790	X-RAY DIFFRACTION	88
3.3867-3.4372	0.3717	161	0.336	2799	X-RAY DIFFRACTION	88
3.4372-3.4908	0.3961	139	0.3255	2852	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4908-3.548	0.369	160	0.3135	2916	X-RAY DIFFRACTION	92
3.548-3.609	0.3586	143	0.3024	2914	X-RAY DIFFRACTION	92
3.609-3.6746	0.3395	164	0.292	2926	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6746-3.7451	0.3117	160	0.2823	2940	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7451-3.8214	0.3691	167	0.2802	2957	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8214-3.9043	0.3675	166	0.2709	2991	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9043-3.9949	0.3126	158	0.2571	2959	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9949-4.0946	0.3268	155	0.256	3025	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0946-4.205	0.3195	163	0.2487	3037	X-RAY DIFFRACTION	96
4.205-4.3284	0.2739	162	0.2422	3066	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3284-4.4677	0.298	175	0.2278	3050	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4677-4.6268	0.3047	148	0.2176	3105	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6268-4.8113	0.2878	157	0.216	3077	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8113-5.0293	0.3077	171	0.2263	3111	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0293-5.2931	0.2788	146	0.218	3140	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2931-5.6227	0.3197	157	0.2231	3165	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6227-6.0535	0.2899	165	0.2477	3133	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0535-6.6566	0.3406	163	0.2533	3163	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6566-7.606	0.3586	178	0.2552	3175	X-RAY DIFFRACTION	99
7.606-9.5311	0.2701	155	0.2249	3214	X-RAY DIFFRACTION	99
9.5311-29.9213	0.3238	181	0.2888	3207	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0045	-0.004	0.0034	0.098	-0.0566	0.0247	0.0382	0.0373	0.0213	0.041	0.0153	-0.0908	-0.0329	0.2303	-0	0.1498	-0.0007	-0.0789	0.3221	-0.1179	0.2841	55.8643	-5.7578	73.5595
2	0.0064	0.0072	0.0561	0.1324	-0.1575	0.0343	-0.0109	-0.0165	-0.0495	0.0926	-0.1132	-0.0349	-0.0767	0.2331	0	0.1595	-0.0957	-0.057	0.2926	0.0598	0.1047	54.9927	10.6947	86.1757
3	0.0176	0.0225	-0.0012	0.0053	-0.1203	0.0236	-0.042	0.0151	0.0495	0.0335	-0.0805	0.0103	-0.1644	0.2549	0	0.1254	-0.1058	-0.0123	0.4151	0.0491	0.0832	57.3546	13.5124	65.6845
4	0.0652	0.0475	0.0637	0.1836	0.2382	0.2627	0.1196	-0.3286	-0.2511	0.0302	-0.1025	0.0294	0.0038	0.3853	-0	0.1405	0.0621	-0.0459	-0.375	-0.0262	0.1677	3.7548	-11.5642	66.3797
5	0.0587	0.0371	-0.0206	0.2651	-0.0468	0.1558	-0.0289	-0.0461	0.0371	0.0512	-0.0002	0.0369	-0.0438	0.0087	0	0.1852	-0.0517	-0.0248	0.1439	-0.0098	0.1697	2.5295	15.1257	87.9105
6	0.0326	0.0288	0.0059	0.17	-0.1292	-0.0342	0.039	-0.1155	-0.1207	-0.0689	-0.0745	0.0164	-0.7017	1.3128	0	0.0601	0.5141	-0.0305	-1.2617	-0.0335	0.1145	6.286	20.4212	54.3
7	0.0544	0.0107	-0.053	0.175	0.1008	0.3879	0.0838	-0.054	0.0822	-0.0277	-0.0579	0.0184	0.0411	-0.1242	0	0.1679	0.0009	0.002	0.152	-0.0363	0.1134	2.1753	6.673	-11.9784
8	0.0386	0.0554	-0.0643	0.2132	0.0304	0.2684	0.1099	-0.2077	-0.1241	0.0152	-0.0197	0.049	-0.2817	0.2418	0	0.3197	-0.006	0.0622	0.3904	-0.0682	0.1669	6.6914	21.8492	18.1474
9	-0.0292	0.0976	0.0021	0.2121	-0.0304	0.2491	-0.2033	-0.1554	-0.1077	0.1389	-0.0092	0.0488	0.3191	0.2056	0	0.3665	0.1085	0.1084	0.3134	0.0594	0.1763	4.5347	-12.1652	16.5563
10	0.0124	0.01	-0.0025	0.0004	-0.0427	0.0075	-0.0338	0.071	0.031	-0.0449	-0.0602	0.0189	0.1235	-0.3159	-0	0.116	-0.073	-0.0173	0.8574	-0.1136	0.2141	-48.7456	8.8662	1.6489
11	0.0079	-0.0028	-0.027	0.0235	0.0328	0.0343	-0.028	-0.0038	0.042	-0.0189	-0.0362	0.0821	-0.0933	-0.1751	0	0.1979	0.0712	0.0462	0.5586	-0.113	0.25	-45.9794	18.0149	20.3914
12	0.0169	0.0022	-0.0009	0.046	-0.0075	0.044	-0.0967	0.0038	0.1021	0.1526	-0.0039	0.1012	0.1955	-0.2386	-0	0.3048	-0.1467	0.1666	0.6928	-0.1858	0.3585	-47.3139	-2.3246	19.1874
13	0.0069	0.0074	0.0076	0.2379	0.1035	-0.0621	0.0131	0.1025	-0.0256	-0.0314	0.1045	0.0895	0.174	-0.653	0	0.1527	0.1035	0.0354	-1.1612	-0.0455	0.1075	-18.6241	59.5739	41.2613
14	0.0484	0.1294	0.0364	0.1879	-0.0724	0.0664	-0.1464	0.0094	0.0894	0.0283	-0.1115	0.0293	-0.1964	0.4974	0	0.0404	0.3651	0.1439	-0.9142	-0.4409	-0.0868	-16.6067	77.9626	51.1033
15	0.0236	0.0238	0.0461	0.1128	0.091	0.0941	0.0058	-0.162	-0.0732	0.1725	0.1734	0.152	0.0223	-0.0311	-0	0.2209	0.0447	0.0526	-0.025	-0.0311	0.0791	-17.3803	60.0066	61.9967
16	0.0132	0.0019	-0.0773	0.0846	0.205	-0.1736	0.0435	0.1662	-0.1233	0.0038	0.0529	0.0467	0.0333	0.6814	0	-0.5403	0.8822	0.3778	-0.4162	-0.5608	-0.0792	32.962	49.1382	33.4535
17	0.0342	0.0133	0.0515	0.1878	0.0717	-0.1848	-0.125	-0.0324	0.072	-0.0368	0.0487	-0.0185	-0.0218	0.46	-0	0.0806	-0.0249	0.0247	0.089	-0.0749	0.1009	35.9678	81.786	45.4627
18	0.0402	0.0014	0.0517	0.0287	-0.0052	0.1938	0.1783	-0.0323	-0.164	0.1521	-0.0475	-0.0745	0.0038	-0.038	0	0.096	0.0695	-0.1367	0.125	-0.0669	0.2314	34.807	54.8628	68.0898

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 330:492
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND RESID 330:492
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND RESID 330:492
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 9:323
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 9:323
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESID 9:323
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND RESID 9:323
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN E AND RESID 9:323
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN F AND RESID 9:323
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND RESID 330:492
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN E AND RESID 330:492
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN F AND RESID 330:492
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN G AND RESID 330:492
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN H AND RESID 330:492
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN I AND RESID 330:492
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN G AND RESID 9:323
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN H AND RESID 9:323
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN I AND RESID 9:323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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