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Yorodumi- PDB-4wsv: The crystal structure of hemagglutinin from A/Taiwan/1/2013 in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wsv | ||||||
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Title | The crystal structure of hemagglutinin from A/Taiwan/1/2013 in complex with 6'SLN | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / influenza virus / H6 | ||||||
Function / homology | Function and homology information clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Influenza A virus H6N1 subtype | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2015 Title: Structure and receptor binding preferences of recombinant hemagglutinins from avian and human h6 and h10 influenza a virus subtypes. Authors: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wsv.cif.gz | 593 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wsv.ent.gz | 495.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wsv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4wsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4wsv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4wsrC 4wssC 4wstC 4wsuC 4wswC 4wsxC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37434.273 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus H6N1 subtype / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A0A0J9X248*PLUS #2: Protein | Mass: 20718.938 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus H6N1 subtype / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A0A0J9X249*PLUS #3: Sugar | ChemComp-NAG / #4: Sugar | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 8.5 Details: 0.01M nickel chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 2000MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 37065 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.1 % / Net I/σ(I): 13.1 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Resolution: 3.1→49.772 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→49.772 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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