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- PDB-2wll: POTASSIUM CHANNEL FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wll
タイトルPOTASSIUM CHANNEL FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI
要素(POTASSIUM CHANNEL) x 2
キーワードMETAL TRANSPORT / TRANSMEMBRANE HELICES / ION CONDUCTION / IMMUNOGLOBULIN FOLD / CYTOSOLIC ASSEMBLY / KIRBAC / K+ CHANNEL / KIR CHANNEL / IONIC CHANNEL / INWARD RECTIFIER / POTASSIUM CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Inward rectifier potassium channel
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Clarke, O.B. / Caputo, A.T. / Hill, A.P. / VandenBerg, J.I. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Potassium Channel Kirbac1.1 In the Closed State.
著者: Kuo, A. / Gulbis, J.M. / Antcliff, J.F. / Rahman, T. / Lowe, E.D. / Zimmer, J. / Cuthbertson, J. / Ashcroft, F.M. / Ezaki, T. / Doyle, D.A.
履歴
登録2009年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.22013年1月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 2WLL REFLECTS A RE-REFINEMENT BY USING PHENIX1.5 AND ANISOTROPICALLY CORRECTED DATA OF ...THIS ENTRY 2WLL REFLECTS A RE-REFINEMENT BY USING PHENIX1.5 AND ANISOTROPICALLY CORRECTED DATA OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1P7BSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 1P7B. PREVIOUSLY DEPOSITED STRUCTURE FACTORS WERE ANISOTROPICALLY SCALED AND ELLIPSOIDALLY TRUNCATED USING THE DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER LOCATED AT UCLA. THE ANISOTROPICALLY SCALED FOBS HAVE BEEN DEPOSITED WITH THIS STRUCTURE.: A.KUO,J.M.GULBIS,J.F.ANTCLIFF,T.RAHMAN,E.D.LOWE,J.ZIMMER, J.CUTHBERTSON,F.M.ASHCROFT,T.EZAKI,D.A.DOYLE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM CHANNEL
B: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7719
ポリマ－74,3742
非ポリマー1,3977
水00
1
A: POTASSIUM CHANNEL
B: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子

A: POTASSIUM CHANNEL
B: POTASSIUM CHANNEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,54218
ポリマ－148,7484
非ポリマー2,79414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area21210 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area46300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.840, 105.620, 258.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1310-

MG

21B-1310-

K

31B-1311-

K

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND RESID 47:309 AND NOT (RESID 196:211 OR RESID 288:301)
211CHAIN B AND RESID 47:309 AND NOT (RESID 196:211 OR RESID 288:301)

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要素

#1: タンパク質 POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC1.1


分子量: 37196.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
遺伝子: CHROMOSOME 1 KIRBAC1.1 / プラスミド: PET-30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: P83698
#2: タンパク質 POTASSIUM CHANNEL / KIRBAC1.1


分子量: 37177.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
遺伝子: CHROMOSOME 1 KIRBAC1.1 / プラスミド: PET-30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: P83698
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.77 %
解説: DATA AS PER ENTRY 1P7B, ELLIPSOIDALLY TRUNCATED AND ANISOTROPICALLY SCALED USING DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER AT UCLA.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG-400, MAGNESIUM ACETATE, GLYCINE, HEGA-10, PH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月3日
放射モノクロメーター: N.A. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→20 Å / Num. obs: 14455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 95.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3.65→3.85 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
RAVEモデル構築
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RAVE位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.65→19.955 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ORIGINAL STRUCTURE FACTORS ARE ASSOCIATED WITH PDB ENTRY 1P7B. THIS ENTRY IS A REREFINEMENT OF PDB ENTRY 1P7B. IMPROVED REFINEMENT STATISTICS WERE OBTAINED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 723 5 %
Rwork0.2463 --
obs0.2482 14447 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.488 Å2 / ksol: 0.248 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5385 Å20 Å20 Å2
2--2.5892 Å2-0 Å2
3----2.0507 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→19.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4014 0 29 0 4043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114170
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9345655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5151387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003718
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1771X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1771X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6504-3.93030.3211450.29962708X-RAY DIFFRACTION100
3.9303-4.32220.32851450.25642681X-RAY DIFFRACTION100
4.3222-4.93930.25921450.21642733X-RAY DIFFRACTION100
4.9393-6.1920.25961450.2262758X-RAY DIFFRACTION100
6.192-19.9550.2831430.24622844X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3801-1.4009-0.67245.55753.16492.4544-1.1027-4.6650.887-0.8673-2.88892.68080.4278-1.543.97130.3460.76110.07641.4599-0.33131.219247.177721.2836183.9342
23.09870.92941.04294.26414.15197.41610.21180.4399-0.31730.1259-0.0802-0.13181.95241.1158-0.3040.51670.09180.05120.3791-0.15640.164950.343335.6247156.309
30.34990.21-0.10492.3683-1.03570.4579-0.35391.8189-0.1517-1.37590.64460.1270.7480.4794-0.2720.8805-0.0853-0.02461.4777-0.18180.070646.91943.0799152.1197
44.1096-2.15651.652.011-1.43252.2176-0.23980.6821-0.32810.40170.027-0.9519-0.26310.07980.1213-0.12510.4037-0.3321-0.00330.27790.439266.874546.9608198.4543
56.91-1.5262-3.18490.33470.62764.4860.0293-0.1991-0.7939-0.71580.36690.15850.10780.1701-0.37130.4677-0.0759-0.14070.0789-0.04350.632260.067344.84201.9043
62.0768-1.9974-0.64342.8206-1.39073.22260.3250.0189-0.33530.2646-0.04480.53130.48560.4817-0.28590.32620.0973-0.20660.1083-0.01110.316268.641343.897198.4758
76.26296.01337.85658.29686.73351.9991-0.38960.55373.81693.825-2.13783.1232.25490.88832.47620.7721-0.06550.42870.21040.45092.105776.278656.3989184.196
81.7577-0.2111-0.49392.52250.58269.3460.21780.1893-0.0469-0.18040.15860.0494-0.94562.6033-0.12510.3676-0.22460.23770.76460.12840.234163.622856.298156.094
90.9762-0.09640.00253.5353.05112.3450.12810.7461-0.2049-0.70520.04630.1179-0.78840.8997-0.28280.9247-0.12780.14150.7496-0.10610.119555.991853.293152.0467
100.50780.50492.09320.5940.89959.4753-0.1557-0.28280.021-0.10830.71040.2524-1.1749-0.95210.0224-0.3037-0.5117-0.704-0.1744-0.6249-0.01653.010373.6443198.5854
118.9087-0.28821.40130.7768-0.80620.77320.52310.5687-1.26930.5832-0.2349-0.002-0.31620.1348-0.19720.4734-0.1197-0.16190.3498-0.1430.664257.34765.3222202.7938
121.94240.16710.28631.8025-1.97452.16180.07280.2389-0.40660.73270.19610.0415-0.8289-0.3597-0.06230.0552-0.248-0.12420.1793-0.19320.23757.389774.1071198.8477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN B AND RESID 27:43)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESID 44:95)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 96:155)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 156:193)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 194:224)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 225:309)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 38:43)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 44:95)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 96:155)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 156:193)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 194:224)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 225:309)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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