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Yorodumi- PDB-6h0g: Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h0g | ||||||||||||
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Title | Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / E3 ubiquitin ligase / drug mediated protein-interaction / targeted protein degradation | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information chromatin insulator sequence binding / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Generic Transcription Pathway / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition ...chromatin insulator sequence binding / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Generic Transcription Pathway / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / regulation of gluconeogenesis / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / chromosome / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.25 Å | ||||||||||||
Authors | Bunker, R.D. / Petzold, G. / Thoma, N.H. | ||||||||||||
Funding support | 3items
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Citation | Journal: Science / Year: 2018 Title: Defining the human C2H2 zinc finger degrome targeted by thalidomide analogs through CRBN. Authors: Sievers, Q.L. / Petzold, G. / Bunker, R.D. / Renneville, A. / Slabicki, M. / Liddicoat, B.J. / Abdulrahman, W. / Mikkelsen, T. / Ebert, B.L. / Thoma, N.H. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h0g.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h0g.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h0g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6h0fC 5fqdS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 95773.695 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 ...Mutation: Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DDB1, XAP1 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q16531 #2: Protein | Mass: 48976.117 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N-terminally truncated (1-40 aa deleted) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CRBN, AD-006 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q96SW2 #3: Protein/peptide | Mass: 3520.015 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ZNF692 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9BU19 #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.000043 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 29, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) silicon crista / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.000043 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.17→48.6 Å / Num. obs: 24386 / % possible obs: 92 % / Redundancy: 4.034 % / Biso Wilson estimate: 156.11 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rrim(I) all: 0.267 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 3.99 / Num. measured all: 98372 / Scaling rejects: 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FQD Resolution: 4.25→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.861 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.991
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Displacement parameters | Biso max: 750 Å2 / Biso mean: 152.81 Å2 / Biso min: 53.68 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 4.25→48.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 4.25→4.29 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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