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万見
- PDB-2wk3: Crystal structure of human insulin-degrading enzyme in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wk3
タイトルCrystal structure of human insulin-degrading enzyme in complex with amyloid-beta (1-42)
要素
  • BETA-AMYLOID PROTEIN 42
  • INSULIN DEGRADING ENZYME
キーワードHYDROLASE / METAL-BINDING / METALLOPROTEASE / IDE / PROTEASE / AMYLOID-BETA (1-42)
機能・相同性
機能・相同性情報


insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation ...insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / amyloid-beta complex / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / regulation of Wnt signaling pathway / synaptic assembly at neuromuscular junction / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / insulin binding / regulation of aerobic respiration / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / peptide catabolic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / signaling receptor activator activity / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / amyloid-beta clearance / TRAF6 mediated NF-kB activation / peroxisomal matrix / presynaptic active zone / positive regulation of protein metabolic process / neuromuscular process controlling balance / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / amyloid-beta metabolic process / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / forebrain development / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Insulin receptor recycling / Notch signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cholesterol metabolic process / peptide binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / axonogenesis / proteolysis involved in protein catabolic process / dendritic shaft / platelet alpha granule lumen / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / locomotory behavior / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / Peroxisomal protein import / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein catabolic process / synapse organization / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / : / PQQ synthase PqqF-like, C-terminal lobe domain 4 / : / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily ...Peptidase M16, middle/third domain / Middle or third domain of peptidase_M16 / : / PQQ synthase PqqF-like, C-terminal lobe domain 4 / : / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Insulin-degrading enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Guo, Q. / Tang, W.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for the Recognition and Cleavages of Igf-II, Tgf-Alpha, and Amylin by Human Insulin Degrading Enzyme.
著者: Guo, Q. / Manolopoulou, M. / Bian, Y. / Schilling, A.B. / Tang, W.J.
履歴
登録2009年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN DEGRADING ENZYME
B: INSULIN DEGRADING ENZYME
C: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
D: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,1086
ポリマ－244,9784
非ポリマー1312
水4,216234
1
B: INSULIN DEGRADING ENZYME
D: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5543
ポリマ－122,4892
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-48.85 kcal/mol
Surface area37960 Å2
手法PISA
2
A: INSULIN DEGRADING ENZYME
C: BETA-AMYLOID PROTEIN 42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5543
ポリマ－122,4892
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-49.27 kcal/mol
Surface area38080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.628, 261.628, 90.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 INSULIN DEGRADING ENZYME / INSULIN PROTEASE / INSULYSIN / INSULINASE


分子量: 117968.664 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14735, insulysin
#2: タンパク質・ペプチド BETA-AMYLOID PROTEIN 42 / BETA-APP42 / AMYLOID BETA A4 PROTEIN SYNONYM: AMYLOID BETA / ALZHEIMER DISEASE AMYLOID PROTEIN / ...BETA-APP42 / AMYLOID BETA A4 PROTEIN SYNONYM: AMYLOID BETA / ALZHEIMER DISEASE AMYLOID PROTEIN / ABPP / APPI / APP / PREA4 / CEREBRAL VASCULAR AMYLOID PEPTIDE / CVAP / PROTEASE NEXIN-II / PN-II SYNONYM: APP / ABPP / ALZHEIMER'S DISEASE AMYLOID PROTEIN / CEREBRAL VASCULAR AMYLOID PEPTIDE / CVAP / PROTEASE NEXIN-II / PN-II / APPI


分子量: 4520.087 Da / 分子数: 2 / Fragment: BETA-AMYLOID PROTEIN 42, RESIDUES 672-713 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05067
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 110 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 111 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 110 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 111 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 171 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 178 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 257 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 414 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 573 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 590 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 789 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 812 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 819 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 904 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 966 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 974 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 110 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 111 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 171 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 178 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 257 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 414 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 573 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 590 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 789 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 812 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 819 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 904 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 966 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 974 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.17 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0333
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 104637 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.6

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.59→49.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.958 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 5511 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 104637 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15659 0 2 234 15895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02216051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9591.96321739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77251926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81824.582790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.783152801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5161576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.22356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9271.59678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.832215620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22536373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3294.56119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 388 -
Rwork0.271 7620 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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