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- PDB-2wbh: Icosahedral particle of covalent coat protein dimer of bacterioph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbh
タイトルIcosahedral particle of covalent coat protein dimer of bacteriophage MS2
要素COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / CAPSID PROTEIN / COVALENT DIMER / VIRION / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Plevka, P. / Tars, K. / Liljas, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structure and Stability of Icosahedral Particles of a Covalent Coat Protein Dimer of Bacteriophage MS2.
著者: Plevka, P. / Tars, K. / Liljas, L.
履歴
登録2009年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1163
ポリマ－82,1163
非ポリマー00
水00
1
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,926,938180
ポリマ－4,926,938180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 411 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,57815
ポリマ－410,57815
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 493 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,69418
ポリマ－492,69418
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)368.200, 368.200, 368.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.485628, -0.246072, 0.838817), (0.730527, 0.641239, -0.234823), (-0.480099, 0.726815, 0.491167)80.33688, -159.59705, 136.43258
3generate(-0.346643, 0.332374, 0.877135), (0.935946, 0.060752, 0.346864), (0.062001, 0.941189, -0.332143)273.06512, -235.28614, 48.87647
4generate(-0.346643, 0.935946, 0.062001), (0.332374, 0.060752, 0.941189), (0.877135, 0.346864, -0.332143)311.84083, -122.46751, -141.66876
5generate(0.485628, 0.730527, -0.480099), (-0.246072, 0.641239, 0.726815), (0.838817, -0.234823, 0.491167)143.07731, 22.94732, -171.87608
6generate(-0.94101, 0.332714, 0.061661), (0.332714, 0.876557, 0.347777), (0.061661, 0.347777, -0.935547)641.80477, -163.70689, 269.33371
7generate(-0.243528, 0.489722, -0.837178), (0.634957, 0.732981, 0.244067), (0.73316, -0.472135, -0.489453)521.51941, -229.42551, 91.14398
8generate(0.641419, -0.234519, -0.730467), (0.72664, 0.491162, 0.480369), (0.246122, -0.838904, 0.485452)309.57866, -262.09805, 158.61772
9generate(0.490865, -0.839133, 0.234323), (0.48106, 0.485286, 0.730123), (-0.726384, -0.245668, 0.641883)298.87743, -216.57217, 378.50851
10generate(-0.48713, -0.488564, 0.723885), (0.2376, 0.723473, 0.648176), (-0.840387, 0.487741, -0.236343)504.20446, -155.76309, 446.93475
11generate(-0.064958, -0.339675, 0.938297), (-0.339675, -0.876605, -0.340858), (0.938297, -0.340858, -0.058436)281.93685, 533.44823, -87.8439
12generate(-0.730163, 0.48014, 0.486135), (-0.641695, -0.72627, -0.246496), (0.234713, -0.491933, 0.838399)458.94369, 599.55937, 33.96323
13generate(-0.237225, 0.840888, -0.486447), (-0.723843, -0.486966, -0.48879), (-0.647901, 0.236158, 0.724191)389.98042, 630.28803, 245.7152
14generate(0.732632, 0.244028, -0.635375), (-0.472593, -0.489404, -0.732898), (-0.489803, 0.837218, -0.243227)170.35193, 583.16826, 254.77799
15generate(0.839098, -0.4856, 0.245166), (-0.235164, -0.730215, -0.64147), (0.490522, 0.480603, -0.726918)103.57733, 523.31798, 48.62713
16generate(0.005968, 0.006961, -0.999958), (0.006961, -0.999952, -0.00692), (-0.999958, -0.00692, -0.006016)548.56837, 367.14512, 554.42152
17generate(0.488063, -0.723789, -0.487774), (-0.723789, -0.647951, 0.237252), (-0.487774, 0.237252, -0.840112)411.50999, 526.34966, 474.37154
18generate(-0.057551, -0.938743, 0.339779), (-0.938743, -0.064948, -0.338443), (0.339779, -0.338443, -0.8775)499.68578, 603.98262, 282.70194
19generate(-0.876853, -0.34084, 0.339051), (-0.34084, -0.056634, -0.938414), (0.339051, -0.938414, -0.066512)691.23979, 492.75789, 244.29359
20generate(-0.837596, 0.243637, -0.488952), (0.243637, -0.634498, -0.733521), (-0.488952, -0.733521, 0.472094)721.45089, 346.38427, 412.22552

-
要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN / ICOSAHEDRAL PARTICLE OF BACTERIOPHAGE MS2 COVALENT COAT PROTEIN DIMER


分子量: 27371.877 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-130,2 AND 4-130 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT DIMER OF MS2 COAT PROTEIN SUBUNITS, SERINE 2 OF SECOND SUBUNIT IS DELETED
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE MS2 (ファージ)
プラスミド: PBAD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): TOP 10 / 参照: UniProt: P03612
配列の詳細COVALENT DIMER OF MS2 COAT PROTEIN SUBUNITS, SERINE 2 OF SECOND SUBUNIT IS DELETED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 0.1M BICINE PH 9.0, 20% PEG 5000-MONOETHYL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9814
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.7→50 Å / Num. obs: 72743 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 4.7→4.91 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MS2

2ms2


解像度: 4.7→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.318 --
obs0.318 72743 84 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.99 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 105.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.78 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 0 0 2892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 4.7→4.91 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.365 5251 -
obs--51 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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