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万見
- PDB-5msf: MS2 PROTEIN CAPSID/RNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msf
タイトルMS2 PROTEIN CAPSID/RNA COMPLEX
要素
  • 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
  • MS2 PROTEIN CAPSID
キーワードVirus/RNA / CAPSID PROTEIN MS2-RNA APTAMER COMPLEX / RNA-PROTEIN COMPLEX / RNA STEM LOOP / BACTERIOPHAGE MS2 / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rowsell, S. / Stonehouse, N.J. / Convery, M.A. / Adams, C.J. / Ellington, A.D. / Hirao, I. / Peabody, D.S. / Stockley, P.G. / Phillips, S.E.V.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of a series of RNA aptamers complexed to the same protein target.
著者: Rowsell, S. / Stonehouse, N.J. / Convery, M.A. / Adams, C.J. / Ellington, A.D. / Hirao, I. / Peabody, D.S. / Stockley, P.G. / Phillips, S.E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of an RNA Aptamer-Protein Complex at 2.8 A Resolution
著者: Convery, M.A. / Rowsell, S. / Stonehouse, N.J. / Ellington, A.D. / Hirao, I. / Murray, J.B. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E. / Stockley, P.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The Three-Dimensional Structures of Two Complexes between Recombinant MS2 Capsids and RNA Operator Fragments Reveal Sequence-Specific Protein-RNA Interactions
著者: Valegard, K. / Murray, J.B. / Stonehouse, N.J. / Van Den Worm, S. / Stockley, P.G. / Liljas, L.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of an RNA Bacteriophage Coat Protein-Operator Complex
著者: Valegard, K. / Murray, J.B. / Stockley, P.G. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Refined Structure of Bacteriophage MS2 at 2.8 A Resolution
著者: Golmohammadi, R. / Valegard, K. / Fridborg, K. / Liljas, L.
履歴
登録1998年5月15日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
A: MS2 PROTEIN CAPSID
B: MS2 PROTEIN CAPSID
C: MS2 PROTEIN CAPSID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8675
ポリマ－52,8675
非ポリマー00
水1,820101
1
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
A: MS2 PROTEIN CAPSID
B: MS2 PROTEIN CAPSID
C: MS2 PROTEIN CAPSID
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,171,991300
ポリマ－3,171,991300
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
A: MS2 PROTEIN CAPSID
B: MS2 PROTEIN CAPSID
C: MS2 PROTEIN CAPSID
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 264 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,33325
ポリマ－264,33325
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
A: MS2 PROTEIN CAPSID
B: MS2 PROTEIN CAPSID
C: MS2 PROTEIN CAPSID
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 317 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,19930
ポリマ－317,19930
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3'
A: MS2 PROTEIN CAPSID
B: MS2 PROTEIN CAPSID
C: MS2 PROTEIN CAPSID
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 529 kDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)528,66550
ポリマ－528,66550
非ポリマー00
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)287.300, 287.300, 651.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.8660254, 7.9E-7), (0.6454967, 0.3726783, 0.66666701), (-0.57735086, -0.33333299, 0.74535569)
3generate(-0.30901699, -0.75576184, -0.57734958), (0.17841019, -0.64234953, 0.74535688), (-0.93417252, 0.12732289, 0.33333254)
4generate(-0.30901699, 0.17841019, -0.93417252), (-0.75576184, -0.64234953, 0.12732289), (-0.57734958, 0.74535688, 0.33333254)
5generate(0.5, 0.6454967, -0.57735086), (-0.8660254, 0.3726783, -0.33333299), (7.9E-7, 0.66666701, 0.74535569)
6generate(0.30901699, -0.75576184, -0.57734958), (-0.75576184, -0.5636604, 0.33333317), (-0.57734958, 0.33333317, -0.7453566)
7generate(-0.35682294, -0.93417203), (-0.93417203, 0.33333401, -0.12732261), (0.35682294, 0.87267739, -0.33333401)
8generate(0.30901699, 0.17841019, -0.93417252), (-0.17841019, 0.97568389, 0.12732142), (0.93417252, 0.12732142, 0.3333331)
9generate(0.80901699, 0.11026356, -0.57735037), (0.4670865, 0.47568355, 0.74535586), (0.35682166, -0.87267813, 0.33333345)
10generate(0.80901699, -0.4670865, -0.35682166), (0.11026356, -0.47568355, 0.87267813), (-0.57735037, -0.74535586, -0.33333345)
詳細THE COMPLETE PARTICLE CAN BE GENERATED BY APPLYING THE NCS MATRICES TO THE COORDINATES AND THEN APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORS.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*G)-3' / F5 / 18-NT RNA APTAMER


分子量: 5825.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FAMILY 5 CONSENSUS SEQUENCE FROM IN VITRO SELECTION
#2: タンパク質 MS2 PROTEIN CAPSID


分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / 遺伝子: COAT PROTEIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P03612
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 300 K / pH: 7.4
詳細: PROTEIN IN 1.25% OR 1.5% PEG 8000, 0.1M NA PHOSPHATE PH 7.4 AND 0.02% NA AZIDE WAS EQUILIBRATED AGAINST 0.35M OR 0.4M NA PHOSPHATE PH 7.4, 0.02% NA AZIDE AT 300 OR 370 C. WASHED CRYSTALS WERE ...詳細: PROTEIN IN 1.25% OR 1.5% PEG 8000, 0.1M NA PHOSPHATE PH 7.4 AND 0.02% NA AZIDE WAS EQUILIBRATED AGAINST 0.35M OR 0.4M NA PHOSPHATE PH 7.4, 0.02% NA AZIDE AT 300 OR 370 C. WASHED CRYSTALS WERE SOAKED IN 2MG/ML RNA.
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NA3PO411
3NAN311
4NA3PO412
5NAN312
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Valegard, K., (1997) J.Mol.Biol., 270, 724.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.6 mg/mlcapsid1drop
21.25 %(w/v)PEG80001drop
30.1 Msodium phosphate1drop
40.02 %(w/v)sodium azide1drop
50.4 Msodium phosphate1reservoir
60.02 %(w/v)sodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 172487 / % possible obs: 69 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 34
反射
*PLUS
Num. measured all: 337020
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 33.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.86精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 2MS2

2ms2


解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 6927 4 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-172479 --
obs-172479 68.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.29 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2908 729 0 101 3738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.642
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it7.692.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.872.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it10.693
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 557 3.9 %
Rwork0.298 13699 -
obs--34.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.86 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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