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- PDB-1frs: CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE FR CAPSIDS AT 3.5 ANGSTROMS RE... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1frs | |||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE FR CAPSIDS AT 3.5 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
![]() | BACTERIOPHAGE FR CAPSID | |||||||||
![]() | VIRUS / COAT PROTEIN (VIRAL) / Icosahedral virus | |||||||||
Function / homology | ![]() T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() | |||||||||
![]() | Liljas, L. / Valegard, K. / Bundule, M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of bacteriophage fr capsids at 3.5 A resolution. Authors: Liljas, L. / Fridborg, K. / Valegard, K. / Bundule, M. / Pumpens, P. #1: ![]() Title: Crystallization of Bacteriophage Fr and its Recombinant Capsids Authors: Bundule, M. / Pumpens, P. / Ose, V. / Valegard, K. / Liljas, L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 83.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 65.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 425.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 449 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | ![]()
| x 30|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO B 78 2: ASN C 116 - PRO C 117 OMEGA = 212.01 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Symmetry | Point symmetry: (Hermann–Mauguin notation: 532 / Schoenflies symbol: I (icosahedral)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 13746.423 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 7.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Radiation | Scattering type: x-ray |
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Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Num. obs: 130705 / % possible obs: 38 % |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 3.47 Å / Lowest resolution: 9.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.137 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 3.47 Å / Lowest resolution: 3.68 Å / % possible obs: 16 % / Num. unique obs: 8708 / Rmerge(I) obs: 0.283 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.5→20 Å / σ(F): 2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
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Refinement | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS Type: x_angle_deg / Dev ideal: 3.5 |