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Yorodumi- PDB-1frs: CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE FR CAPSIDS AT 3.5 ANGSTROMS RE... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1frs | |||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE FR CAPSIDS AT 3.5 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
Components | BACTERIOPHAGE FR CAPSID | |||||||||
Keywords | VIRUS / COAT PROTEIN (VIRAL) / Icosahedral virus | |||||||||
Function / homology | Function and homology information T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Enterobacteria phage fr (virus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | Liljas, L. / Valegard, K. / Bundule, M. | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 1994 Title: Crystal structure of bacteriophage fr capsids at 3.5 A resolution. Authors: Liljas, L. / Fridborg, K. / Valegard, K. / Bundule, M. / Pumpens, P. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 1993 Title: Crystallization of Bacteriophage Fr and its Recombinant Capsids Authors: Bundule, M. / Pumpens, P. / Ose, V. / Valegard, K. / Liljas, L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1frs.cif.gz | 81 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1frs.ent.gz | 65.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1frs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1frs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/1frs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 60|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 |
| x 5|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 30|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO B 78 2: ASN C 116 - PRO C 117 OMEGA = 212.01 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Symmetry | Point symmetry: (Hermann–Mauguin notation: 532 / Schoenflies symbol: I (icosahedral)) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 13746.423 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage fr (virus) / Genus: LevivirusEmesvirus / Species: Enterobacteria phage MS2Bacteriophage MS2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03614 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 7.5 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Radiation | Scattering type: x-ray |
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Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Num. obs: 130705 / % possible obs: 38 % |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 3.47 Å / Lowest resolution: 9.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.137 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 3.47 Å / Lowest resolution: 3.68 Å / % possible obs: 16 % / Num. unique obs: 8708 / Rmerge(I) obs: 0.283 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.5→20 Å / σ(F): 2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS Type: x_angle_deg / Dev ideal: 3.5 |