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- PDB-1zdk: STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN-LOOP RNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zdk
タイトルSTRUCTURE OF BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN-LOOP RNA COMPLEX
要素
  • PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
キーワードVirus/RNA / COMPLEX (COAT PROTEIN-RNA) / COAT PROTEIN / RNA-BINDING / VIRAL PROTEIN CAPSID / RNA FRAGMENT / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Grahn, E. / Stonehouse, N.J. / Valegard, K. / Vandenworm, S. / Liljas, L.
引用
ジャーナル: RNA / 年: 1999
タイトル: Crystallographic studies of RNA hairpins in complexes with recombinant MS2 capsids: implications for binding requirements.
著者: Grahn, E. / Stonehouse, N.J. / Murray, J.B. / van den Worm, S. / Valegard, K. / Fridborg, K. / Stockley, P.G. / Liljas, L.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of an RNA Bacteriophage Coat Protein-Operator Complex
著者: Valegard, K. / Murray, J.B. / Stockley, P.G. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Refined Structure of Bacteriophage MS2 at 2.8 A Resolution
著者: Golmohammadi, R. / Valegard, K. / Fridborg, K. / Liljas, L.
履歴
登録1998年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
A: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
B: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
C: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3395
ポリマ－53,3395
非ポリマー00
水2,792155
1
R: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
A: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
B: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
C: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,200,324300
ポリマ－3,200,324300
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
A: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
B: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
C: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 267 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,69425
ポリマ－266,69425
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
A: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
B: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
C: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 320 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,03230
ポリマ－320,03230
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
S: RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3')
A: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
B: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
C: PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 533 kDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,38750
ポリマ－533,38750
非ポリマー00
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)288.000, 288.000, 653.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settinghexagonal
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.75576191, -0.57734954), (0.75576185, 0.56366034, -0.33333315), (0.5773495, -0.33333315, 0.74535665)
3generate(-0.80901699, -0.46708655, -0.35682164), (0.46708651, -0.14235205, -0.87267752), (0.35682162, -0.87267752, 0.33333506)
4generate(-0.80901699, 0.46708655, 0.35682164), (-0.46708651, -0.14235205, -0.87267752), (-0.35682162, -0.87267752, 0.33333506)
5generate(0.30901699, 0.75576191, 0.57734954), (-0.75576185, 0.56366034, -0.33333315), (-0.5773495, -0.33333315, 0.74535665)
6generate(-1), (0.74535467, -0.66666814), (-0.66666814, -0.74535467)
7generate(-0.30901699, 0.75576191, 0.57734954), (0.17841012, 0.64234946, -0.74535695), (-0.9341725, -0.12732297, -0.33333247)
8generate(0.80901699, 0.46708655, 0.35682164), (0.11026351, 0.47568353, -0.87267813), (-0.57735035, 0.74535585, 0.33333345)
9generate(0.80901699, -0.46708655, -0.35682164), (-0.11026351, 0.47568353, -0.87267813), (0.57735035, 0.74535585, 0.33333345)
10generate(-0.30901699, -0.75576191, -0.57734954), (-0.17841012, 0.64234946, -0.74535695), (0.9341725, -0.12732297, -0.33333247)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3') / 23-NT MS2 VARIANT (CLAMP) RNA FRAGMENT


分子量: 6061.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NON-BIOLOGICAL SEQUENCE
#2: タンパク質 PROTEIN (MS2 PROTEIN CAPSID)


分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RNA MOLECULE IS NUMBERED FROM 1 - 23 IN THE ENTRY. IN PUBLICATIONS, THE NUMBERING IS RELATED TO ...THE RNA MOLECULE IS NUMBERED FROM 1 - 23 IN THE ENTRY. IN PUBLICATIONS, THE NUMBERING IS RELATED TO THE BEGINNING OF THE INITIATION CODON OF THE REPLICASE GENE (+1). THUS, RESIDUES 1 - 23 IN THE ENTRY CORRESPOND TO -17 - +6.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Valegard, K., (1986) J. Mol. Biol., 190, 587.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.0 %(w/v)MS21drop
20.2 Msodium phosphate1drop
31.5 %(w/v)PEG60001drop
40.02 %(w/v)1dropNaN3
50.4 Msodium phospahte1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 149789 / % possible obs: 47.4 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.07 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / % possible all: 6.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→10 Å / σ(F): 2 / 詳細: PARKINSON ET AL. FOR RNA /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.207 --
obs-111186 47 %
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 810 0 155 3860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル最高解像度: 2.86 Å / Rfactor Rwork: 0.3
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.6 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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