PDB-2wa3: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA WITH 2-(3-hydroxyphenyl)-2-oxoaceti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wa3

タイトル

FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA WITH 2-(3-hydroxyphenyl)-2-oxoacetic acid

要素

HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HYDROXYLASE / DIOXYGENASE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / HYPOXIA

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Conejo-Garcia, A. / Lienard, B.M.R. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for binding of cyclic 2-oxoglutarate analogues to factor-inhibiting hypoxia-inducible factor.
著者: Conejo-Garcia, A. / McDonough, M.A. / Loenarz, C. / McNeill, L.A. / Hewitson, K.S. / Ge, W. / Lienard, B.M. / Schofield, C.J. / Clifton, I.J.

履歴

登録	2009年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年2月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wa3.cif.gz	155.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wa3.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wa3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wa3_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wa3_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	2wa3_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	2wa3_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wa3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w0xC 2wa4C 1h2nS 1h2k 1h2l 1h2m 1iz3 1mze 1mzf 1yci 2cgn 2cgo C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2w0x-1 4z1v-1 5opc-1 1h2n-1 6ha6-1 1mzf-2 3kcx-1 6h9j-1 4bio-1 3d8c-1 6hl6-1 1yci-1 5op8-1 1h2l-1 1h2m-1 2wa4-1 4z2w-1 5jwk-1 1mze-2 5jwp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (11)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

ヘテロ分子

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.938, 86.938, 148.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1-ALPHA INHIBITOR / FACTOR INHIBITING HIF1 / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR ASPARAGINE HYDROXYLASE / FACTOR INHIBITING HIF-1 / FIH-1 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-A29 / 2-(3-HYDROXYPHENYL)-2-OXO-ETHANOIC ACID 分子量: 166.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	2-(3-HYDROXYPHENYL)-2-OXOACETIC ACID (A29): PUBCHEM CID 13548097

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, 3% PEG400, 1MM FESO4, 28MG/ML PROTEIN, 10MM SUBSTRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.488
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月30日 / 詳細: RH COATED MIRROR
放射	モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→37.1 Å / Num. obs: 20426 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 72 Å² / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H2N

1h2n

解像度: 2.5→74.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 16.119 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC U FACTORS CALCULATED FROM TLS MODEL. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2465	1043	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20327	-	-	-
obs	0.20546	19325	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.121 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→74.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2765	0	13	84	2862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.872	1.948	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.376	3	4816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.987	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.609	24.557	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.478	15	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.983	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.33	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.182	1.5	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.187	1.5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.456	2	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.355	3	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.461	4.5	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.417	68	-
R_work	0.432	1414	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7211	1.0131	0.5975	1.7867	-0.1705	3.3026	-0.2245	0.1155	0.4093	-0.4946	-0.0873	0.7395	0.0922	-0.283	0.3117	0.0834	-0.0038	-0.2374	-0.1871	-0.0699	0.6203	8.546	31.568	15.57
2	2.5865	1.4074	0.1612	3.2102	0.8866	4.0577	-0.1956	0.452	-0.2063	-0.3359	0.3871	0.0522	0.16	0.0997	-0.1915	0.1364	-0.0193	-0.1158	-0.2255	0.0048	0.3408	23.209	20.858	13.003
3	1.6176	1.0397	1.141	0.7607	0.2315	3.5288	0.0322	-0.3616	-0.0375	1.0624	-0.1231	0.1846	0.5967	-0.3386	0.091	0.2067	-0.0498	0.0372	0.1099	0.0668	0.2854	14.608	19.046	38.526
4	1.5261	0.2047	0.1987	2.8133	1.681	1.3712	0.0009	-0.1356	-0.0329	0.0672	0.1906	-0.0973	0.1601	0.0192	-0.1915	0.0954	-0.0347	-0.1153	-0.1953	0.0148	0.3929	24.051	23.6	23.308
5	2.0146	-0.0187	1.4547	4.5959	-0.5068	4.1919	0.0431	-0.137	0.1224	-0.0489	-0.0737	0.3753	-0.184	-0.0872	0.0306	0.0176	-0.0149	-0.0712	-0.2171	-0.0236	0.4143	21.701	43.329	32.368
6	1.6296	1.7494	1.5076	2.7128	1.5943	1.8086	0.0298	-0.0393	-0.0361	-0.1454	0.0521	-0.0621	0.2172	0.1983	-0.0819	0.0313	0.0117	-0.0705	-0.1427	-0.0033	0.385	30.34	35.304	29.67

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	45 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	163 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	225 - 261
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	262 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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