[日本語] English
万見
- PDB-2w10: Mona SH3C in complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w10
タイトルMona SH3C in complex
要素
  • GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
  • TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 23
キーワードHYDROLASE / ALTERNATIVE SPLICING / TPR REPEAT / SH2 DOMAIN / SH3 DOMAIN / COILED COIL / PROTEIN PHOSPHATASE / CYTOPLASMIC VESICLE / PHOSPHOPROTEIN / SIGNAL TRANDUCTION / SH3 DOMAIN-COMPLEX / SH3 / GADS / MONA / DIMER / HD-PTP / CYTOPLASM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of adherens junction organization / FLT3 Signaling / CD28 co-stimulation / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of Wnt protein secretion / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / positive regulation of early endosome to late endosome transport / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of adherens junction organization / FLT3 Signaling / CD28 co-stimulation / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of Wnt protein secretion / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / positive regulation of early endosome to late endosome transport / FCERI mediated Ca+2 mobilization / negative regulation of epithelial cell migration / early endosome to late endosome transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endocytic recycling / DAP12 signaling / regulation of MAPK cascade / cilium assembly / phosphotyrosine residue binding / protein-tyrosine-phosphatase / ciliary basal body / protein tyrosine phosphatase activity / protein transport / early endosome / nuclear body / endosome / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRAP2, C-terminal SH3 domain / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / Grb2-like / SH3 Domains ...GRAP2, C-terminal SH3 domain / ALIX V-shaped domain / ALIX V-shaped domain binding to HIV / BRO1 domain / BRO1 domain superfamily / BRO1-like domain / BRO1 domain profile. / BRO1-like domain / Grb2-like / SH3 Domains / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / GRB2-related adaptor protein 2 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Harkiolaki, M. / Feller, S.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Distinct Binding Modes of Two Epitopes in Gab2 that Interact with the Sh3C Domain of Grb2.
著者: Harkiolaki, M. / Tsirka, T. / Lewitzky, M. / Simister, P.C. / Joshi, D. / Bird, L.E. / Jones, E.Y. / O'Reilly, N. / Feller, S.M.
履歴
登録2008年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
B: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
C: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 23
D: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9396
ポリマ－16,7494
非ポリマー1902
水2,432135
1
A: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
D: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4703
ポリマ－8,3752
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-10.5 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PQS
2
B: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
C: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4703
ポリマ－8,3752
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-5.5 kcal/mol
Surface area5730 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)26.137, 34.367, 36.220
Angle α, β, γ (deg.)81.08, 87.05, 72.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2 / MONA SH3C / GADS PROTEIN / GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN / GRB-2-LIKE PROTEIN / GRB2L / ...MONA SH3C / GADS PROTEIN / GROWTH FACTOR RECEPTOR BINDING PROTEIN / GRB-2-LIKE PROTEIN / GRB2L / HEMATOPOIETIC CELL-ASSOCIATED ADAPTOR PROTEIN GRPL / GRB-2-RELATED MONOCYTIC ADAPTER PROTEIN / MONOCYTIC ADAPTER / MONA / ADAPTER PROTEIN GRID


分子量: 7088.970 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 2, RESIDUES 265-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O89100
#2: タンパク質・ペプチド TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 23 / HD-PTP


分子量: 1285.575 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 BINDING REGION, RESIDUES 719-730 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6PB44, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PLGS OVERHANG DUE TO EXPRESSION VECTOR

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M PHOSPHATE CITRATE, 2 M AMMONIUM SULPHATE, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 8966 / % possible obs: 81.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.86→1.94 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 44.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0047精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UTI

1uti


解像度: 1.9→35.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 3.927 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 425 4.7 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.164 8539 96.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20.31 Å20.13 Å2
2--0.23 Å2-0.29 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1146 0 10 135 1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.9791646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93532079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5785144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69422.22254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25915178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.0061512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45121177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5123474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6254.5467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.209 22
Rwork0.163 587

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る