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- PDB-2w0x: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA WITH PYRIDINE 2,4 DICARBOXYLIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w0x
タイトルFACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA WITH PYRIDINE 2,4 DICARBOXYLIC ACID
要素HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA INHIBITOR
キーワードOXIDOREDUCTASE / HYDROXYLASE / DIOXYGENASE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / HYPOXIA
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / positive regulation of vasculogenesis / carboxylic acid binding / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Conejo-Garcia, A. / Lienard, B.M.R. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用
ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for binding of cyclic 2-oxoglutarate analogues to factor-inhibiting hypoxia-inducible factor.
著者: Conejo-Garcia, A. / McDonough, M.A. / Loenarz, C. / McNeill, L.A. / Hewitson, K.S. / Ge, W. / Lienard, B.M. / Schofield, C.J. / Clifton, I.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of Factor-Inhibiting Hypoxia-Inducible Factor (Hif) Reveals Mechanism of Oxidative Modification of Hif-1 Alpha.
著者: Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / McNeill, L.A. / Seibel, J.F. / Schlemminger, I. / Pugh, C.W. / Ratcliffe, P.J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2008年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9327
ポリマ－40,3281
非ポリマー6036
水3,603200
1
A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子

A: HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,86314
ポリマ－80,6572
非ポリマー1,20612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5900 Å2
ΔGint-145.9 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.471, 86.471, 147.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR 1 ALPHA INHIBITOR / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR ASPARAGINE HYDROXYLASE / FACTOR INHIBITING HIF-1 / FIH-1


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NWT6, peptide-aspartate beta-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 206分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-PD2 / PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID / 2,4-ピリジンジカルボン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID(PD2): PUBCHEM CID 10365

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.6M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 5% PEG400, 1MM FESO4, 2MM SUBSTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月10日 / 詳細: RH COATED MIRROR
放射モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→61.2 Å / Num. obs: 32255 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 39.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.12→2.24 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H2N

1h2n


解像度: 2.12→38.67 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1516 5 %
Rwork0.21 --
obs0.213 30050 93.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.63 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8936 Å2-0 Å20 Å2
2---3.8936 Å2-0 Å2
3---7.7871 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→38.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2802 0 34 200 3036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d02919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d13965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d191076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.125-2.19360.37631120.31382192X-RAY DIFFRACTION80
2.1936-2.2720.31521370.26492364X-RAY DIFFRACTION87
2.272-2.3630.27851320.24242387X-RAY DIFFRACTION88
2.363-2.47050.34241470.23562537X-RAY DIFFRACTION93
2.4705-2.60070.30751480.24372530X-RAY DIFFRACTION93
2.6007-2.76360.30431240.23382604X-RAY DIFFRACTION94
2.7636-2.97690.27091290.2372647X-RAY DIFFRACTION95
2.9769-3.27640.24961270.22992727X-RAY DIFFRACTION97
3.2764-3.75010.23771430.20252757X-RAY DIFFRACTION99
3.7501-4.72340.23361680.16432800X-RAY DIFFRACTION99
4.7234-38.67760.22611490.18322989X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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