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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v9g | ||||||
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タイトル | L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI (MUTANT Q6Y- L84W-E192A) | ||||||
要素 | RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE / ZINC / ALDOLASE / CLASS II / CYTOPLASM / PROTEIN ENGINEERING / 2-KETOSE DEGRADATION / CLEAVAGE OF L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONEPH BACTERIAL L-RHAMNOSE METABOLISM / METAL-BINDING / OLIGOMERIZATION / INTERFACE DESIGN / PROTEIN-PROTEIN INTERFACE / RARE SUGAR / AGGREGATION / ZINC ENZYME / FIBRILLATION / SURFACE MUTATION / RHAMNOSE METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rhamnulose-1-phosphate aldolase / rhamnulose-1-phosphate aldolase activity / rhamnose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Grueninger, D. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: Designed Protein-Protein Association. 著者: Grueninger, D. / Treiber, N. / Ziegler, M.O.P. / Koetter, J.W.A. / Schulze, M.-S. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of L-Rhamnulose-1-Phosphate Aldolase 著者: Kroemer, M. / Merkel, I. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v9g.cif.gz | 221.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v9g.ent.gz | 179.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2v9g_validation.pdf.gz | 480.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2v9g_full_validation.pdf.gz | 509.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2v9g_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2v9g_validation.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v9g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2uyuC 2uyvC 2v7gC 2v9eC 2v9fC 2v9iC 2v9lC 2v9mC 2v9nC 2v9oC 2v9uC 1gt7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30224.467 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P32169, rhamnulose-1-phosphate aldolase #2: 化合物 | ChemComp-TLA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 6 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 84 TO TRP ENGINEERED ...ENGINEERED | 配列の詳細 | RHAD_ECOLI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.7 / 詳細: 1 M NA/K-TARTRATE, 0.1 M HEPES (PH 7.7) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.813 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.67→15 Å / Num. obs: 32949 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 3.63 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.77 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.67 Å / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 85.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GT7 解像度: 2.7→14.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 6403000.7 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.9476 Å2 / ksol: 0.354928 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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