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Yorodumi- PDB-5jwg: Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jwg | ||||||
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Title | Crystal structure of Porphyromonas endodontalis DPP11 in complex with dipeptide Arg-Asp | ||||||
Components | Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / peptidase / bacterial enzyme / dipeptide | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / cell surface / proteolysis / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Porphyromonas endodontalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Bezerra, G.A. / Fedosyuk, S. / Ohara-Nemoto, Y. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition. Authors: Bezerra, G.A. / Ohara-Nemoto, Y. / Cornaciu, I. / Fedosyuk, S. / Hoffmann, G. / Round, A. / Marquez, J.A. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jwg.cif.gz | 563.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jwg.ent.gz | 475.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jwg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5jwg_validation.pdf.gz | 485.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5jwg_full_validation.pdf.gz | 502.5 KB | Display | |
Data in XML | 5jwg_validation.xml.gz | 53 KB | Display | |
Data in CIF | 5jwg_validation.cif.gz | 75 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jwg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5jwfC 5jwiC 5jxfC 5jxkC 5jxpC 5jy0C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 79749.352 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Porphyromonas endodontalis (bacteria) / Gene: dpp11, PeDPP11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: F8WQK8, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases |
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-Non-polymers , 5 types, 427 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.12 M Ethylene glycols, 0.1 M Buffer system 3 pH 8.5, 40% v/v Ethylene glycol, 20% w/v PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.008 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 9, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→90.473 Å / Num. obs: 96263 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 45.51 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 9.476 / Net I/σ(I): 14.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→45.237 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 197.48 Å2 / Biso mean: 64.7478 Å2 / Biso min: 19.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→45.237 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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