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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jwf | ||||||
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Title | Crystal structure of Porphyromonas gingivalis DPP11 | ||||||
![]() | Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / peptidase / bacterial enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() developmental cell growth / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / peptide binding / cell surface / proteolysis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bezerra, G.A. / Fedosyuk, S. / Ohara-Nemoto, Y. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition. Authors: Bezerra, G.A. / Ohara-Nemoto, Y. / Cornaciu, I. / Fedosyuk, S. / Hoffmann, G. / Round, A. / Marquez, J.A. / Nemoto, T.K. / Djinovic-Carugo, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 483.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 447.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jwgC ![]() 5jwiC ![]() 5jxfC ![]() 5jxkC ![]() 5jxpC ![]() 5jy0C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 80666.328 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: B2RID1, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Dipeptidyl-peptidases and tripeptidyl-peptidases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PGO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 275 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.12M Alcohols, Buffer system 3 pH 8.5, 40% v/v Glycerol, 20% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→91.972 Å / Num. obs: 91479 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 7.355 / Net I/σ(I): 12.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.5 Å2 / Biso mean: 55.8677 Å2 / Biso min: 25.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→45.563 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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